如果说阿拉木图事件还只是民族精英在苏联现有体制框架内寻求更多权力的第一次政治爆发，那么，波罗的海三国的民族精英则从一开始就表现出了脱离苏联体制的政治冲动，并在内外合力之下实现了民族独立的政治目标。

在苏联的加盟共和国中，波罗的海三国的地位相对比较特殊。它们是在1939年苏德互不侵犯条约的基础上于1940年被苏联吞并的，但美国和其他西方国家始终不予承认。波罗的海三国的民族精英也暗中积蓄着独立的政治力量。

以1987年为标志，波罗的海三国的民族运动发生了变化。在1987年以前，运动的主要目标是要求把本民族语言变成国语，在共和国实行双语制。如果说，这一阶段的民族运动还仅仅局限在传统的民族文化教育权利的范围之内，那么，在戈尔巴乔夫“公开性”“民主化”的改革浪潮下，波罗的海三国的民族运动则开始进入为谋求国家独立的有组织的政治运动阶段。

1987年8月23日，正值苏德互不侵犯条约签订周年纪念日，爱沙尼亚首都举行了由美国之音电台、自由欧洲电台和自由电台以及一小批因反苏活动而受审的人策动的集会,要求公布这个条约的秘密协定书，为大批被驱逐出境的受害者恢复名誉。

1987年11月18日，正值1918年11月18日拉脱维亚独立日。这一天被民族精英们确定为民族节日。数以千计的群众不顾当局的警告上街游行，并向里加的自由纪念碑献花。

进入1988年度，波罗的海三国的民族精英开始了民族运动的组织建设。6月，立陶宛激进民族团体“萨尤季斯”（争取改革运动）成立。10月，爱沙尼亚和拉脱维亚人民阵线成立。一系列政治组织的成立，使“具有各种信仰和世界观的人现在想方设法地在争取改革运动的旗帜下联合起来。

在举行大规模行动时，争取改革运动的支持者们不论对个别人还是对当局，不择手段地进行诽谤。有时是印刷口号和宣传画，除了进行挑衅外，这些口号和宣传画不可能有任何益处”。立陶宛共产党中央第一书记布拉藻斯卡斯在电视台发表讲话，呼吁立陶宛全体居民“不要受某些人煽动，不应当破坏，而要建设。”

令人遗憾的是，并非所有的人都能够听进这些话。包括一些高年级中学生在内的一批人以“争取改革运动”的名义开展行动，在十字街头堵塞交通。波罗的海三国的混乱局面让苏共中央大为不满。《真理报》指责说：“没有责任感的民主会变成坏事。暴力行动显然是违背第十九次党代表会议的决议的。”

1989年8月15日，《真理报》再次抨击波罗的海沿岸诸加盟共和国的行动是“资产阶级的”和“反苏的”。说它们已变得太民族主义了，并容许反苏活动和“资产阶级”的行为。在过去6个月内成立的爱沙尼亚和拉脱维亚的人民阵线以及立陶宛的争取改革运动从当地共产党那里窃取了许多政治权力，甚至当地许多共产党员公开支持他们。它们的独立倾向已变成了一个爆炸性问题。

《真理报》指出，在这种情况下，“各反苏集团公开扩大其活动”，上述人民阵线还派出“使者”到各地的共和国介绍其经验。这种情况表明：“波罗的海诸共和国人民阵线式的运动今年已蔓延到了其他共和国，其中包括格鲁吉亚和阿塞拜疆共和国。

但是，苏共中央隔靴搔痒式的批评并不能阻止波罗的海三国民族精英的政治狂热。1989年8月23日，在民族精英的组织下，波罗的海三国约200多万人跨越波罗的海共和国边界手拉手形成了人链，以此作为纪念使共和国失去独立地位的苏德互不侵犯条约签订50周年之际的一次大规模抗议活动。

在群众拉起了长达600多公里的人链，把拉脱维亚、爱沙尼亚和立陶宛的主要城市连结起来的时候，波罗的海沿岸共和国的教堂钟声齐鸣，响彻波罗的海共和国上空。在里加，男人、妇女和儿童唱起了立陶宛国歌，然后手挽着手和平站立15分钟。据估计，有100多万人参加了拉人链活动或其他集会。

波罗的海三国的民族运动使苏共中央大为震惊。1989年8月25日，苏共中央发表严厉警告波罗的海3个共和国民族运动的声明：“在波罗的海3个共和国，存在着发生内战和大规模巷战的危险。”但是，苏共中央的声明不仅没有得到波罗的海三国的尊重，而且使波罗的海三国共产党内部发生了严重的分裂。

1989年8月27日，拉脱维亚和爱沙尼亚共产党意识形态工作的负责人伊瓦尔斯·克兹贝里斯和米克·蒂特马通过电视及电台抨击了苏联共产党中央委员会的声明。克兹贝里斯反击说：“声明是挑衅性的，而且是对我们的事务的干涉。”蒂特马也指出：“声明显然是克里姆林宫保守派为利用波罗的海沿岸共和国最近的事态发展结束戈尔巴乔夫提出的改革计划而采取的行动。”

与伊瓦尔斯·克兹贝里斯和米克·蒂特马的明确反对不同的是，波罗的海三国共产党中央高层则表示拥护苏共中央声明。立陶宛共产党中央全会向共和国全全居民发表声明，呼吁共和国居民要“清醒认识到，立陶宛共和国在政治和经济方面同苏联是一体化的”。

声明强调说，对历史真相的反思不能用以煽动政治情绪。声明指出：“一些极端势力的举动是针对立陶宛共产党和政府的，实际上就是阻挠改革，今天的局势已经证明了这一点。”拉脱维亚共产党中央也认为，共和国内确实存在分离主义表现以及反苏情绪、民族主义和沙文主义情绪。在这种形势下，拉脱维亚共产党中央局“认为有必要再一次强调指出，我们的立场依然不变：主张我们共和国成为崭新的苏维埃联邦组成内的一个主权的拉脱维亚，争取拉脱维亚共产党作为苏共不可分割的组成部分的新的地位。”

爱沙尼亚共产党中央第一书记瓦伊诺·维亚利亚斯明确指出，关于该共和国退出苏联的要求“是不负责任的，只会损害爱沙尼亚人民的利益”。他强调指出，分离主义是与要求“同以缓和紧张局势、人道主义世界观和支持苏联改革方针的稳定性为特点的国际局势尖锐矛盾的”。

狂热的民族情绪和混乱的政治局面，使得“萨尤季斯”“人民阵线”等民族运动组织日益显露出其政治目的和政治野心。1989年8月29日，《真理很》发表评论指出：“那些把共和国居民引向各民族闹纠纷的人，在改革口号的幌子下，怀有个人野心，渴望在沙文主义和分立主义的浊浪中夺取政权。”

但是，在戈尔巴乔夫的步步退让中，波罗的海三国的民族精英得寸进尺，坚定地朝着独立的目标前进。

1989年12月19-20日，立陶宛共产党二十大宣布脱离苏共而独立。1990年3月11日，立陶宛议会通过《关于恢复立陶宛独立地位的宣言》，立陶宛苏维埃社会主义共和国更名为立陶宛共和国，苏联宪法在共和国国内失效。

1990年3月30日，爱沙尼亚最高苏维埃通过向独立过渡的决定。5月8日，改国名为爱沙尼亚共和国。1990年5月4日，拉脱维亚最高苏维埃通过独立宣言，改国名为拉脱维亚共和国。

波罗的海三国的民族独立运动大大刺激和鼓舞了苏联其他共和国的民族主义的发展。乌克兰、摩尔多瓦、亚美尼亚、塔吉克、吉尔吉斯等地都出现了民族冲突。随着1990年以后苏联经济状况不断恶化和联盟中央的权力瘫痪，愈演愈烈的民族主义逐渐演变成为了政治分离主义。

左右摇摆的戈尔巴乔夫束手无策，只能放任自流，从而丧失了挽救苏联的最后机遇。纳扎尔巴耶夫指出：“最不稳定的1990年在国内各个地区开始爆发民族冲突。但就在当时仍可以改变局势并恢复原来状态。需要采取决定性的措施，应当在法律范围内有所作为，戈尔巴乔夫当时有足够的宪法确定的全权。然而他像往常一样，持观望态度，并称一切都在自我改进完善之中。”