1644年满清入关，时值江山未定，反清力量此起彼伏。李自成、明宗室各派系、以及活跃在东南沿海的郑氏父子。

待中原稳固后，清廷将进剿重心转到郑成功部。然而这股义军很难对付，满人是马上得天下，陆地无敌，水上功夫是短板。而郑氏义军恰擅长水师，经常驾着船队沿海岸线“打秋风”。

清朝对此也头疼得很，甚至主动以泉州、漳州、潮州等四府之地进行拉拢谈和，郑成功当然不肯屈从，就找了个借口：“我部众甚多，要安置非数省之地”。

就这样，终顺治一朝，郑成功以金厦地区为根据地，经略东南沿海。1659年，郑成功率大军北伐，从长江入海口逆流而上，一直打到南京。虽最终失败，但对清朝震动极大。

屡剿屡败束手无策之下，为切断郑成功部同内地联系，清朝对东南沿海实施海禁，“片帆不得入海”，有违者不论官民当即正法。到了康熙初年（1662），海禁政策被推向高潮，权臣鳌拜实施迁海令，沿海居民内迁50里，房屋烧毁、田园荒芜，“死亡载道者以数十万计”，一时间惨况滔天。

如此看来，清初海禁，可以视作闭关锁国的开端。

在双方相持之际，台湾又是什么情况？

早在明天启年间，台湾已落入荷兰东印度公司魔掌，并将之作为贸易据点，建起台湾、赤嵌两座要塞。直到1661年，才被郑成功率水师2.5万人收复。复台仅四个月后，郑成功撒手人寰，由其子孙郑经、郑克塽先后承袭延平郡王之位。

纵观顺治年间，争夺重心集中于大陆地区，清朝同反清力量打得不亦乐乎，根本没“顾得上”台湾。

1662年康熙即位，皇阿玛顺治给他留下的，是一座危机四伏的江山。顾命大臣鳌拜权势熏天，根本没把他这位主子放在眼里。

等好容易掀翻鳌拜，吴三桂等藩王又继续来找茬，从云南一直打到湖南，与清朝划江而治，直到1681年，清军攻入昆明，持续八年的三藩之乱方告平息。

志得意满的康熙刚想喘口气，咦？！台湾的事还没完，这事不解决迟早有大麻烦。

此时台湾郑氏的日子也很艰难，金厦前哨已失，清朝又沿海封禁多年，搞坚壁清野，致使台湾闹起经济危机。为缓解困境，岛上每户每月需多缴一斗米，连军中将领也要用俸禄贴补军需。

加之郑经新丧，郑克塽12岁继任，人心浮动，连与清朝谈和的主官都反了水，愿意充当清军内应，复台时机已臻成熟。

施琅被福建总督姚启圣荐为攻台主将，说起这位施琅，大有来历，原是郑成功得力干将，后因矛盾被郑灭了满门，不得已投了清朝，对郑家苦大仇深，日思夜想盼能复仇。

1683年7月，施琅亲率水师进发，共有船240艘，兵力2.4万人。

澎湖列岛是台湾门户，拿下澎湖，台湾将无屏障，因此郑氏也将水师主力聚集于此，准备同清军决一死战。

因清军是自南向北攻击，正好借了夏季南风之势，船速大占优势。施琅兵分三路，左右翼夹攻，吸引郑军主力，自己率中路猛打猛冲。经数小时激战，郑氏全军覆灭，只余主将刘国轩带着几条小船逃回。

随后郑氏上表请降，复台成功。

期间又有曲折之处，对于是否将台湾纳入版图，清廷内部有两种意见。一派认为，台湾孤悬海上，无论治理或防守耗费甚巨，况郑氏威胁已除，主张弃守；施琅则力排众议，申明台湾拱卫东南的战略意义，最终说服清廷将其纳入版图。

施琅像

自此，台湾与大陆的联系进入一个更为巩固的阶段。在清以前，各王朝虽对台湾有移民垦殖，但治所止于澎湖。清朝则真正将台湾作为等同于内地的行政区，1885年台湾设省，刘铭传为第一任巡抚。