吴毓芬、吴毓兰兄弟早年跟着李文安在家乡合肥办团练。后来，李鸿章组建淮军时在皖中招募兵源，将父亲的老部下尽数引入，吴氏兄弟遂投到其麾下，分任“华字营”正副营官，隶属于程学启。

淮军攻打嘉善时，吴氏兄弟和同属淮军的刘秉璋因抢功闹起了纠纷。原本，刘秉璋指挥的“亲庆军”自进入嘉善境内屡战屡胜，全军上下对嘉善城志在必得。谁知城中的太平军向“华字营”乞降，吴氏兄弟意外得功。事后论功行赏，吴毓芬得官江苏候补道，加按察使衔；吴毓兰以直隶州知州候补。

而刘秉璋见煮熟的鸭子飞走，对吴氏兄弟自然恨意极深。因为这个缘由，彼此的部下也互相看不顺眼，常有斗殴伤人的冲突。一次，吴毓芬因公拜会刘秉璋，两人言语间发生龃龉。新恨旧仇之下，刘秉璋喝令亲兵将吴毓芬捆起来鞭打。吴毓芬狼狈不堪地回到营中，写信给李鸿章告状说：大清朝开国两百余年，从没有鞭挞道员的先例，大帅你要替我做主。

湘淮军的惯例是只看军中级别，从不以朝廷官阶定高低，刘秉璋是统领，吴毓芬是营官，前者级别高于后者。所以，李鸿章为了维护淮军上下级的界限，非但不帮吴毓芬说话，反而在回信中责备他说：你好歹也读过些书，不知道身在军中就要服从军法吗？

不久，徐州道台的位置空缺出来。作为江苏巡抚，李鸿章考虑部下中有谁可以出任此职。然而那时候补道多如牛毛，一个空缺有无数双眼盯着。为了搞平衡，李鸿章问计于淮军中的高级将领们。可能是内心有愧，刘秉璋推荐说：“吴伯华（吴毓芬字伯华）似乎是最为合适的人选。”结果出人意料，吴毓芬不仅辞官不受，反而随后告假离开军中回乡。

一个多月后，华字营的军官王某到淮军粮台办差，偶遇李鸿章。李鸿章想起了吴毓芬，询问王某说：“主将离开的这些日子，跟你们有书信往来吗？”王某不知出于什么心理，将刚收到的吴毓芬来信递与李鸿章。李鸿章草草看了一遍，勃然大怒，信上末尾写着：李宫保这个人不值得托付，大家乘早找机会开溜吧。从此以后，李鸿章绝口不提吴毓芬，华字营改由吴毓兰统领，驻扎在远离前线的扬州。

同治六年冬，东捻军首脑赖文光被淮军击垮后，带几千名残部突破六塘河南下。刘秉璋的部下马队官叶志超、杨崎珍尾随其后，紧咬不放。刘秉璋派人叮嘱叶、杨二将说：“赖文光此行有两条路，一是兜回捻军老巢蒙城、亳州，在那里他们一呼百应，不久复又成大患，对我们而言则是数年之功毁于一旦；其二是沿运河南下投奔扬州的李世忠，寻求昔日同伙的庇护，这就不足为虑了。因此，你们一定要想办法把赖文光控制在江苏境内。”

淮军的骑兵部队在淮安城东追上捻军，双方在此激战。逃亡的捻军无心作战，很快败下阵来，几乎全军覆没。此战中捻军被俘数千人，如何处理成为难题。当初到安庆哀求曾国藩出兵上海的太仓人钱鼎铭，正在清江浦替淮军办理粮台，于是自作主张将俘虏剃掉头发，给予路费遣散回乡。身在江宁的曾国藩闻讯愀然不乐，责备说：“钱调甫处理这件事大为失策！此辈到了山穷水尽的地步犹自追随赖逆文光，可知都是积年悍寇，宜人人得而诛之！”

于是，赖文光身边仅剩数十骑，再无力奔回皖北，只能沿运河继续南下。捻军到达扬州境内装扮成战败的清军模样，混过数道关防。后在渡河时，有捻军小卒手捧金腰带跪在地上口称“大王”，侍候赖文光更衣。恰巧被巡逻的华字营士兵听见，大起疑心，遂一战而生擒了赖文光。

与攻克嘉善的情况相似，刘秉璋的大功又落入吴氏之手，唯有徒叹命运弄人。几日后，追击的淮军大将们尽数到达扬州，欢庆东捻剿灭，可以安享富贵了。这桩大功并没给吴毓兰带来实质性的好处，仅得了个以道员记名简放，久久没有得到实缺。后来，刘秉璋出任江西布政使，路过天津拜会李鸿章，问起此事说：“吴毓兰立此大功，为何没有赏赐？”李鸿章面无表情地回答道：“事情过去太久，大概是朝廷忘记了吧！”