吳毓芬、吳毓蘭兄弟早年跟着李文安在家鄉合肥辦團練。後來，李鴻章組建淮軍時在皖中招募兵源，將父親的老部下盡數引入，吳氏兄弟遂投到其麾下，分任“華字營”正副營官，隸屬於程學啓。

淮軍攻打嘉善時，吳氏兄弟和同屬淮軍的劉秉璋因搶功鬧起了糾紛。原本，劉秉璋指揮的“親慶軍”自進入嘉善境內屢戰屢勝，全軍上下對嘉善城志在必得。誰知城中的太平軍向“華字營”乞降，吳氏兄弟意外得功。事後論功行賞，吳毓芬得官江蘇候補道，加按察使銜；吳毓蘭以直隸州知州候補。

而劉秉璋見煮熟的鴨子飛走，對吳氏兄弟自然恨意極深。因爲這個緣由，彼此的部下也互相看不順眼，常有鬥毆傷人的衝突。一次，吳毓芬因公拜會劉秉璋，兩人言語間發生齟齬。新恨舊仇之下，劉秉璋喝令親兵將吳毓芬捆起來鞭打。吳毓芬狼狽不堪地回到營中，寫信給李鴻章告狀說：大清朝開國兩百餘年，從沒有鞭撻道員的先例，大帥你要替我做主。

湘淮軍的慣例是隻看軍中級別，從不以朝廷官階定高低，劉秉璋是統領，吳毓芬是營官，前者級別高於後者。所以，李鴻章爲了維護淮軍上下級的界限，非但不幫吳毓芬說話，反而在回信中責備他說：你好歹也讀過些書，不知道身在軍中就要服從軍法嗎？

不久，徐州道臺的位置空缺出來。作爲江蘇巡撫，李鴻章考慮部下中有誰可以出任此職。然而那時候補道多如牛毛，一個空缺有無數雙眼盯着。爲了搞平衡，李鴻章問計於淮軍中的高級將領們。可能是內心有愧，劉秉璋推薦說：“吳伯華（吳毓芬字伯華）似乎是最爲合適的人選。”結果出人意料，吳毓芬不僅辭官不受，反而隨後告假離開軍中回鄉。

一個多月後，華字營的軍官王某到淮軍糧臺辦差，偶遇李鴻章。李鴻章想起了吳毓芬，詢問王某說：“主將離開的這些日子，跟你們有書信往來嗎？”王某不知出於什麼心理，將剛收到的吳毓芬來信遞與李鴻章。李鴻章草草看了一遍，勃然大怒，信上末尾寫着：李宮保這個人不值得託付，大家乘早找機會開溜吧。從此以後，李鴻章絕口不提吳毓芬，華字營改由吳毓蘭統領，駐紮在遠離前線的揚州。

同治六年冬，東捻軍首腦賴文光被淮軍擊垮後，帶幾千名殘部突破六塘河南下。劉秉璋的部下馬隊官葉志超、楊崎珍尾隨其後，緊咬不放。劉秉璋派人叮囑葉、楊二將說：“賴文光此行有兩條路，一是兜回捻軍老巢蒙城、亳州，在那裏他們一呼百應，不久復又成大患，對我們而言則是數年之功毀於一旦；其二是沿運河南下投奔揚州的李世忠，尋求昔日同夥的庇護，這就不足爲慮了。因此，你們一定要想辦法把賴文光控制在江蘇境內。”

淮軍的騎兵部隊在淮安城東追上捻軍，雙方在此激戰。逃亡的捻軍無心作戰，很快敗下陣來，幾乎全軍覆沒。此戰中捻軍被俘數千人，如何處理成爲難題。當初到安慶哀求曾國藩出兵上海的太倉人錢鼎銘，正在清江浦替淮軍辦理糧臺，於是自作主張將俘虜剃掉頭髮，給予路費遣散回鄉。身在江寧的曾國藩聞訊愀然不樂，責備說：“錢調甫處理這件事大爲失策！此輩到了山窮水盡的地步猶自追隨賴逆文光，可知都是積年悍寇，宜人人得而誅之！”

於是，賴文光身邊僅剩數十騎，再無力奔回皖北，只能沿運河繼續南下。捻軍到達揚州境內裝扮成戰敗的清軍模樣，混過數道關防。後在渡河時，有捻軍小卒手捧金腰帶跪在地上口稱“大王”，侍候賴文光更衣。恰巧被巡邏的華字營士兵聽見，大起疑心，遂一戰而生擒了賴文光。

與攻克嘉善的情況相似，劉秉璋的大功又落入吳氏之手，唯有徒嘆命運弄人。幾日後，追擊的淮軍大將們盡數到達揚州，歡慶東捻剿滅，可以安享富貴了。這樁大功並沒給吳毓蘭帶來實質性的好處，僅得了個以道員記名簡放，久久沒有得到實缺。後來，劉秉璋出任江西布政使，路過天津拜會李鴻章，問起此事說：“吳毓蘭立此大功，爲何沒有賞賜？”李鴻章面無表情地回答道：“事情過去太久，大概是朝廷忘記了吧！”