1912年2月12日，清帝在袁世凯胁迫下退位。孙中山第二天就向临时参议院提出辞职。3月10日，袁世凯在北京就任临时大总统。4月1日，孙中山正式解职。4月3日，解职后的孙中山离开南京临时大总统府。这里被袁世凯设为南京留守府，黄兴任南京留守。

黄兴在留守府对袁世凯“阳奉阴违”。4月13日，袁世凯任命程德全为江苏都督（驻苏州）。程德全对袁世凯唯命是从， 6月14 日，袁世凯以“有碍行政统一”为由撤销留守府，并命程德全入驻成立江苏都督府。此时的程德全与南京光复后已今非昔比，他剿灭了北伐先遣团，裁减了革命党武装，致使革命党人损失严重。

1913年7月12日，“二次革命”爆发。15日，黄兴占据江苏都督府，在孙中山临时大总统办公室宣布江苏独立，成立“讨袁军总司令部，并亲任总司令。一时间革命势头再次崛起。狡猾的程德全潜逃后，苏军将领章梓代理江苏都督。

程德全的变卦，使讨袁形势突变。黄兴自杀被劝后，于28日离开南京，“二次革命”宣告失败。群龙无首，南京城内再次混乱。8月8日，驻扎苏北的何海鸣赶回南京，拉起残军重举义旗，占领都督府，自称讨袁军临时总司令。几番起伏之后，讨袁残军内部又起纷争，终于抵挡不住袁世凯麾下大将冯国璋、张勋的攻击。何海鸣在出逃前，竟向江宁绅商强行索银7万元，可见其“革命境界”不是很高。

袁世凯深知南京战略地位的重要性，下令谁先攻入都督府，谁就任江苏都督。张勋立功心切，以“破城后，三日内任意行动”向部属许诺悬赏。9月1日，张勋率辫子军攻破南京城，抢占都督府，当仁不让地做上了江苏都督，并准许部下三日内任意行动。张勋在南京城内惹出不少麻烦，包括“国际纠纷”。

“复辟狂”张勋在南京城还好好过了一下“复辟瘾”：都督府前的大旗杆不挂民国国旗，挂的是一个斗大的“张”字红旗；督署按清制复原，吹鼓手、炮手、捕快、差役、师爷又被请了回来，重操旧业；官场一律禁用“前清”，清时官制一一恢复，厘捐总办、粮台总办、道台、知府、知县等名称又重新起用；辫子军换上清朝的蓝底制服，军令也改用清代的龙头令箭……张勋部下在烧杀中误伤了三个日本人，袁世凯迫于列强压力，不得已下令罢免张勋，由冯国璋接任。

1913年底，冯国璋受命接任江苏都督。1916年11月，冯国璋就任“副总统”，仍兼江苏督军一职，督军府又称为“副总统府”。冯国璋在府内大谈治国之道，一副元首派头。1917年7月，张勋在北京上演复辟闹剧，冯国璋7月7日代理总统职权。8月1日，冯国璋在段琪瑞“邀请”下，北上就任大总统。已纳入自己势力范围的江苏岂容他人染指，冯国璋安排密友李纯出任江苏督军。

其后，齐燮元、韩国钧、卢永祥、郑谦、杨宇霆、孙传芳、张宗昌等军阀先后占据南京，在此粉墨登场。有的只有短短几天，江苏督军署也因局势变化而改名为江苏督办公署、江苏宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等名称。

南京在战火中成为军阀们争夺的筹码。1912年4月至1927年4 月的15年间，伴随着国内政局的动荡，也是大院主官更迭最为频繁的时间。（本文改编自《解密总统府》）