1937年淞沪抗战后期，日寇登陆金山卫，中国守军腹背受敌之际慌忙撤退，上海沦陷之后，浙江的嘉兴、崇德、桐乡等地也相继沦陷。此后八年，桐乡县倭寇横行、生灵涂炭。日寇在这里制造了无数惨案，石门湾惨案就是其中之一。

1938年7月23日，石门湾沦陷，日寇占领这里之后，便实行疯狂的“三光政策”，他们大肆屠杀和平居民，纵火焚烧民房。

史料记载，在石门湾东高桥外育婴堂内有两名年逾古稀的老人惨遭杀害，尸体被抛弃在育婴堂门前河道内的木排上，还有镇北石圣庵的和尚被日寇用刺刀戳死在菩萨的供桌下，南观音堂的和尚寂性法师，则被绑在电线杆上活活烧死。

日寇入侵之时，东市一家羊行的伙计钟宝堂无处可逃，就躲在莲花庵中，他藏在别人寄放在庵内的一口空棺材内，本以为很安全了，谁知日寇一把火把莲花庵给点着了，他也被日寇活活烧死在棺材里。

在那次惨案中，还有家住堰桥浜的钟仁发夫妇、钱百春父子，开新市快班船的阿庆，染坊师傅王阿康、小辫子漆匠等均死于日寇的屠刀之下。

惨案过后，外逃的居民回来重建家园，仅在莲花庵西就看到有18具尸体堆放在一起，他们全是被害的无辜百姓。

据相关资料统计，在日寇侵占石门湾期间，全镇被杀害的平民共有100余人，日寇还焚烧了著名艺术家丰子恺新建不久的缘缘堂和有着悠久历史的振华女校，石门湾全镇被烧毁民房1000余间，使许多人无处栖身。