1937年淞滬抗戰後期，日寇登陸金山衛，中國守軍腹背受敵之際慌忙撤退，上海淪陷之後，浙江的嘉興、崇德、桐鄉等地也相繼淪陷。此後八年，桐鄉縣倭寇橫行、生靈塗炭。日寇在這裏製造了無數慘案，石門灣慘案就是其中之一。

1938年7月23日，石門灣淪陷，日寇佔領這裏之後，便實行瘋狂的“三光政策”，他們大肆屠殺和平居民，縱火焚燒民房。

史料記載，在石門灣東高橋外育嬰堂內有兩名年逾古稀的老人慘遭殺害，屍體被拋棄在育嬰堂門前河道內的木排上，還有鎮北石聖庵的和尚被日寇用刺刀戳死在菩薩的供桌下，南觀音堂的和尚寂性法師，則被綁在電線杆上活活燒死。

日寇入侵之時，東市一家羊行的夥計鍾寶堂無處可逃，就躲在蓮花庵中，他藏在別人寄放在庵內的一口空棺材內，本以爲很安全了，誰知日寇一把火把蓮花庵給點着了，他也被日寇活活燒死在棺材裏。

在那次慘案中，還有家住堰橋浜的鐘仁發夫婦、錢百春父子，開新市快班船的阿慶，染坊師傅王阿康、小辮子漆匠等均死於日寇的屠刀之下。

慘案過後，外逃的居民回來重建家園，僅在蓮花庵西就看到有18具屍體堆放在一起，他們全是被害的無辜百姓。

據相關資料統計，在日寇侵佔石門灣期間，全鎮被殺害的平民共有100餘人，日寇還焚燒了著名藝術家豐子愷新建不久的緣緣堂和有着悠久歷史的振華女校，石門灣全鎮被燒燬民房1000餘間，使許多人無處棲身。