在2017年出版的《刺杀骑士团长》里，借着主人公之口，村上直接表达了自己对南京大屠杀的想法：

“是的，就是南京大屠杀。经过一番激战后，日本军占领了南京市内，并在那里杀了很多人。在被杀的人群中，有的是和战争相关的，也有激战结束后杀的。当时，日本军因没有余力来管理战俘，于是便杀死了大量的投降士兵和普通百姓。尽管关于确切的死亡人数的问题，历史学家之间还存在着争议，然而不可否认的是，无数被迫卷入这场战争的市民们，也都被无辜地杀害了。有人说死难者人数是四十万，也有说是十万的，可是这四十万和十万的区别到底在哪里呢？”

村上还曾在书中把许多日本人喜爱的昭和年代称做“那个黑暗的年代”。

除此之外，一直以来村上都身体力行地宣传着反战思想。巴黎举办的一个读者交流会上，村上就说：“传达正确的战争历史是我们这一代应该做的事。有一些势力试图把只对本国有利的事情告诉年轻一代，我们必须对抗这些势力。”

对于这股“要对抗的势力”，村上的观点总是很直接、明确，从不暧昧。譬如，在他数年前接受《朝日新闻》采访时，就曾经这样描述一些日本人眼中的侵华战争：

“战争之后，最终得出的结论是没有人做错。没有人为1945年结束的战争负起真正的责任，也没有人为2011年福岛核电站事故真正担负责任。从根本上来说，日本人民似乎不认为他们同时还是攻击发起者，这一倾向变得愈发明显。”这样的立场在右翼势力强大的日本很容易受到攻击。不少人骂他是“反日”，还集体抵制他的作品。但他毫不理会。父亲去世隔年，村上在耶路撒冷做了那个著名的《高墙与鸡蛋》的演讲。演讲中的提到父亲的部分放到今天，突然有了更深厚的阅读背景。那段演讲是这样说的：

“我的父亲去年夏天去世了，活了九十岁。他是个退休教师，也是个兼职僧侣。在研究生院就读期间被征召入伍，参加了中国大陆的战斗。我小的时候，他每天早上都在饭前向佛坛献上长长的、深深的祈祷。每次看见父亲祈祷的身姿，我都觉得那里似乎漂浮着死亡的阴影。父亲去世了，其记忆——还没等我搞清是怎样的记忆——也彻底消失了。但是，那里漂浮的死亡气息仍留在我的记忆中。那是我从父亲身上继承的少数然而宝贵的事项之一。”这当中提到的”死亡“想必也包括那名临死不惧的中国战俘，以及村上的父亲在太平洋战争中死去的同伴。

然而，这些从父亲那儿继承来的痛苦的记忆，却在儿子身上逐渐化为了某种坚定的东西。也是在这里，我们听到了那句敲打了无数心房的名言：

“假如这里有坚固的高墙和撞墙破碎的鸡蛋，我总是站在鸡蛋一边。”