1938年抗战期间，（左起）周培源、梁思成、陈岱岳、林徽因、金岳霖、吴有训、梁再冰及梁从诫（两小孩）在昆明西山华亭寺。

在昆明的日子，林徽因和其他知识分子一样，陷入贫困。她仍然忍受着病痛，将身体比作一辆在滇缅公路上磨到焦头烂额的车子，“一星期来往爬四次山坡走老远的路”到云大教授英文。一个月的酬劳有四十几元法币，而买工作不可缺少的皮尺就用掉了23元。但生活似乎没能消磨掉她的意志，陇海线的激战，让林徽因兴奋无比。她写信给沈从文：“我真想在山西随军，做什么自己可不大知道！”

1941年，病中的林徽因与女儿梁再冰、儿子梁从诫在四川李庄。

1941年冬，林徽因一家搬到了四川宜宾附近的一个偏远山村——李庄。从那时起，林徽因就经常发烧卧床，再没有享受过健康人的快乐。梁思成为了给她打针，甚至学会了静脉注射。

在贫病交加的情况下，林徽因仍在病榻上坚持工作，用了几年时间，帮助梁思成反复修改并最后完成了《中国建筑史》这部重要著作的初稿和用英文撰写的《图解中国建筑史》，初步实现了他们早在学生时代就已怀有的学术夙愿。她取得的每一项成绩，都是以健康为代价的。

目睹梁家生活的困窘，1942年4月18日，傅斯年写信给当时的教育部长朱家骅，为梁氏兄弟求援。信中写道：“梁思成、思永兄弟皆困在李庄。思成之困，是因其夫人林徽因女士生了T.B，卧床二年矣。思永是闹了三年胃病，甚重之胃病，近忽患气管炎，一查，肺病甚重。梁任公家道清寒，兄必知之，他们二人万里跋涉，到湘、到桂、到滇、到川，已弄得吃尽当光，又逢此等病，其势不可终日，弟在此看着，实在难过，兄必有同感也??思成之研究中国建筑，并世无匹，营造学社，即彼一人耳（在君语）。营造学社历年之成绩为日本人羡妒不置，此亦发扬中国文物之一大科目也。其夫人，今之女学士，才学至少在谢冰心辈之上??未知吾兄可否与陈布雷先生一商此事，便中向介公（注：蒋介石）一言，说明梁任公之后嗣，人品学问，皆中国之第一流人物，国际知名，而病困至此，似乎可赠以二、三万元（此数虽大，然此等病症，所费当不止此也）??今日徘徊思永、思成二人之处境，恐无外边帮助要出事，而此帮助似亦有其理由也??弟写此信，未告二梁，彼等不知。”

抗战结束后回到北平的林徽因与儿子梁从诫。

而林徽因后来在写给傅斯年的感谢信中，一再强调“深觉抗战中未有贡献，自身先成朋友及社会上的累赘的可耻”及“学问工作恐已无分，将来终负今日教勉之意，太难为情了”。林徽因所言并非虚伪的客套，费正清夫妇1946年曾邀她去美国治病，她因不愿意离开祖国、要与自己的同胞共命运而拒绝了，梁思成也支持她的选择，虽然他们都知道这意味着什么。

1945年，抗战终于胜利，在林徽因离开李庄时，医生诊断她的生命大概只剩下5年。在李庄最后的日子里，林徽因借助费正清带来的资料，开始思考战后建设低租住房的问题。

1949年春，林徽因夫妇送女儿再冰参加南下工作团。图为林徽因夫妇与女儿梁再冰。

人间的季候永远不断在转变

春时你留下多处残红，翩然辞别，

本不想回来时同谁叹息秋天！

——林徽因《时间》

1946年7月末，梁思成林徽因回到思念已久的北平。不久，梁思成受到普林斯顿大学和耶鲁大学的邀请，到美国学术访问，其间受聘为联合国大厦设计委员会委员。

1947年2月1日，林徽因在给费正清的信中写道：“政治的混乱和觉悟的痛苦给清晰的地平线又增添了乌云。我几乎总是在消极地悲伤。右派愚蠢的思想控制和左派对思想的刻意操纵足可以让人长时间地沉思和沉默。我们离你们国家所享有的那种自由主义还远得很，而对那些有幸尚能温饱的人来说，我们的经济生活意味着一个人今天还腰缠万贯，明天就会一贫如洗，当生活整个乱了套的时候，我在病痛上的日子更毫无意义。”

林徽因对当时国民政府的腐败无能非常痛恨，并决绝地表示与离开祖国大陆及去台湾的知识分子断交，包括给过她许多帮助的胡适。她曾说过，自己从小受欧美教育，但珍视中国；最看不起一类人，就是没喝过多少洋墨水，却认为西方比什么都好。

1949年初，林徽因所住的清华园已经解放了，而解放大军对北京的包围正紧。一天，突然有两位解放军来到家中求见，请梁思成在一幅大比例的北京军用地图上，用红笔圈出一切重要的文物古迹的位置，以便在大军万一被迫攻城时尽一切可能予以保护。生平第一次同解放军的直接接触，使这一对以中国古建筑为第二生命的夫妻激动得热泪盈眶，并彻底消除了他们对共产党的一切疑虑，从此便把自己的命运同新中国连在了一起。