图坦卡蒙：图坦卡门法老的黄金面具曾作为远古埃及文明的标志性图标，但是英国广播公司纪录片揭晓这位年轻的法老真实相貌绝非英俊。图坦卡蒙，足部畸形，胸部隆起，长着女性化的臀部，他可能由于近亲结婚导致出生缺陷。但是一些考古学家称，证实这些相貌特征的证据并不充分。

　　外星人论：多年以来，阴谋论者和伪科学家猜测像金字塔这样的宏伟建筑并非出于古老埃及人之手，很可能是外星人建造的。2010年11月，埃及开罗大学考古系主任阿拉·沙欣(Ala Shaheen)发布一份研究报告，标题为“埃及考古学家承认金字塔包含着UFO科技”，随之引起了科学界强烈反响。

　　美丽的奈费尔提蒂王后：奈费尔提蒂王后是古埃及历史上最著名的一位王后，她以美貌和政治影响力而盛名。依据古代雕刻家图特摩斯的奈费尔提蒂王后雕像，埃及政府建造了一个复制品，当这个雕像亮相之后，令人非常失望。王后皮肤并非褐色而是绿黄色，面孔并不美丽，而是瘦长状，而且眼睛闭合着。

　　木乃伊动物争议：古埃及文明中将动物进行木乃伊化处理，它们可作为天神献祭物，事实上，动物木乃伊加工是一个完整的加工链，有专门人群负责饲养狗、猫、鳄鱼、猴子，之后进行木乃伊化加工，适当包裹和保存处理后，以昂贵的价格出售给虔诚的人们。但是2015年科学家对木乃伊动物X射线扫描，发现里面并不包含动物尸体。

　　罗塞达石：保存在大英博物馆的罗塞达石是解读古埃及象形文字的重要线索，它是古埃及文明现代研究的重要突破点，近年来，埃及政府强烈要求英国政府归还罗塞达石。

　　谢凯姆卡雕像拍卖：1850年，英国北安普敦郡的马奎斯从埃及带来迄今发现最著名的古埃及雕像——“谢凯姆卡凯像”，它保存非常完好，其历史可追溯至公元前2400-2300年前。2014年谢凯姆卡雕像以2000万美元的价格拍卖，此后该雕像再未公开展出。埃及大使称这是对埃及考古学的侮辱。

　　猎户座相关性理论：关于数千年前埃及人如何以及为什么建造金字塔，一直是一个未解谜团，比利时工程师罗伯特-波法尔(Robert Bauval)提出了最具争议性的观点，他认为金字塔反映了猎户星座中的恒星。三座大金字塔的排列与猎户星座中的3颗恒星相匹配。