圖坦卡蒙：圖坦卡門法老的黃金面具曾作爲遠古埃及文明的標誌性圖標，但是英國廣播公司紀錄片揭曉這位年輕的法老真實相貌絕非英俊。圖坦卡蒙，足部畸形，胸部隆起，長着女性化的臀部，他可能由於近親結婚導致出生缺陷。但是一些考古學家稱，證實這些相貌特徵的證據並不充分。

　　外星人論：多年以來，陰謀論者和僞科學家猜測像金字塔這樣的宏偉建築並非出於古老埃及人之手，很可能是外星人建造的。2010年11月，埃及開羅大學考古系主任阿拉·沙欣(Ala Shaheen)發佈一份研究報告，標題爲“埃及考古學家承認金字塔包含着UFO科技”，隨之引起了科學界強烈反響。

　　美麗的奈費爾提蒂王后：奈費爾提蒂王后是古埃及歷史上最著名的一位王后，她以美貌和政治影響力而盛名。依據古代雕刻家圖特摩斯的奈費爾提蒂王后雕像，埃及政府建造了一個複製品，當這個雕像亮相之後，令人非常失望。王后皮膚並非褐色而是綠黃色，面孔並不美麗，而是瘦長狀，而且眼睛閉合着。

　　木乃伊動物爭議：古埃及文明中將動物進行木乃伊化處理，它們可作爲天神獻祭物，事實上，動物木乃伊加工是一個完整的加工鏈，有專門人羣負責飼養狗、貓、鱷魚、猴子，之後進行木乃伊化加工，適當包裹和保存處理後，以昂貴的價格出售給虔誠的人們。但是2015年科學家對木乃伊動物X射線掃描，發現裏面並不包含動物屍體。

　　羅塞達石：保存在大英博物館的羅塞達石是解讀古埃及象形文字的重要線索，它是古埃及文明現代研究的重要突破點，近年來，埃及政府強烈要求英國政府歸還羅塞達石。

　　謝凱姆卡雕像拍賣：1850年，英國北安普敦郡的馬奎斯從埃及帶來迄今發現最著名的古埃及雕像——“謝凱姆卡凱像”，它保存非常完好，其歷史可追溯至公元前2400-2300年前。2014年謝凱姆卡雕像以2000萬美元的價格拍賣，此後該雕像再未公開展出。埃及大使稱這是對埃及考古學的侮辱。

　　獵戶座相關性理論：關於數千年前埃及人如何以及爲什麼建造金字塔，一直是一個未解謎團，比利時工程師羅伯特-波法爾(Robert Bauval)提出了最具爭議性的觀點，他認爲金字塔反映了獵戶星座中的恆星。三座大金字塔的排列與獵戶星座中的3顆恆星相匹配。