自然科學的發展也不能脫離人文社會科學的規範、控制以及協調作用。科學哲學也討論“什麼是事實”等問題，也說“沒有純粹的事實”、“任何事實都受到理論的污染”。在人類社會中，從來就不存在離開社會的自然科學和技術，它們需要廣闊的社會背景來爲其提供動力，而且人文社會科學與自然科學的聯盟會使科學技術的世界呈現活力與生機。人文社會科學對於自然科學之所以有重大的價值意義，關鍵在於自然科學研究本身是一項社會實踐工程。

從宏觀上講，自然科學的發展受制於社會發展。在這裏，社會物質生產實踐及由其提供的物質基礎無疑是極爲重要的。但是，社會制度是否先進，社會思想觀念是否解放、開明，社會總體科研能力是否雄厚、強大，都是影響自然科學發展的重要社會因素，並且整合爲自然科學發展必須面對的文化生態環境。這也就在事實上決定着自然科學的發展必須直接或間接地受到人文社會科學及其發展水平的制約及限定。

從微觀上講，一個自然科學科研項目實施的全過程，也都始終承受着人文社會科學的深刻影響作用。從研究主體的角度來審視，科研目標的確立，科研動力的取得，科研主體之間的分工、合作、協調、互補，無不與科學工作者的價值取向、協作精神、管理水平、個人修養息息相關；而從研究客體的角度來審視，研究對象的把握、研究手段的使用、研究方式的選擇、研究成果的評判，也都折射着社會的文明程度和主體的人文素質。從事自然科學工作者的懷疑精神是自然科學前行的動力。