他參加過南昌起義，後來跟隨朱德、陳毅一起上井岡山，在長征途中他率領紅二十六團攻下遵義縣城，那時他領兵活捉一隊國民黨士兵，並命令一營全部穿上國民黨士兵的衣服，之後兵不血刃的拿下了遵義。而聶榮臻還曾讚揚朱水秋，即使不能智取遵義城，憑朱水秋的能力也完全能強攻下來。

在中央的指揮下，朱水秋率部在新田、覺山、黎平、遵義、臘子口先後取得五次意義重大的勝利，在到達延安後，朱水秋調任八路軍總司令部警衛團團長。因爲屢立戰功，朱水秋曾獲得諸多榮譽，其中還包括了1933年在井岡山時期被授予的三等紅星獎章，只可惜後來他的命運因爲意外發生的轉變。

1938年，朱水秋因爲舊傷復發的治病需要留在了湘鄂贛地區工作，在平江慘案發生後，一衆湘鄂贛特委高級將領犧牲，僅剩朱水秋一人在敵人的跟蹤迫害下逃脫。在與部隊失散後，爲躲過敵人追捕他只好隱姓埋名逃到湖南的一處山區中隱居起來，由於那時信息傳送不暢，部隊還以爲朱水秋也犧牲了。直到瀏陽解放前夕，朱水秋與地下黨聯繫，組織這才找到了已經是湖南山區隱居農民的他，並恢復其組織生活。

在解放後，朱水秋調任瀏陽縣武裝部副部長，後來並未參與授銜，那時有被授銜爲將軍的人，曾經是他的部下。也有人問朱水秋爲什麼不爲自己爭取一下？憑他的老紅軍資歷完全可以被授上將軍銜，而朱水秋回答說，能活着看到現在的新中國，我已經很滿足了。1959年，不到五十歲的朱水秋因傷辦理離休，後在1994年離世享年84歲。