胃肠作为消化吸收食物的主要器官，需要在胃酸和消化酶的的共同作用下才能消化食物，且消化酶还必须在酸性环境下才具有活性。正常情况下，胃肠黏膜对胃酸和消化酶有充分的防御作用，因而胃肠黏膜在食物消化过程中不会受到损害。如果胃肠黏膜的防御体系受到损害，如感染幽门螺杆菌、酗酒、长期服用止痛药等，胃酸分泌过多而对胃黏膜发生侵蚀，就会发生胃、十二指肠溃疡，或两者同时发生。这时，医生会使用抑酸药来降低胃内酸度，同时降低消化酶的活性，减缓对胃黏膜的侵蚀，而使受损的胃肠黏膜逐渐修复。奥美拉唑就是针对这一方面生产的。奥美拉唑属于质子泵抑制剂，具有抑制胃黏膜壁细胞的质子泵分泌胃酸的作用，是临床上常用的抑制胃酸分泌的药物。

溃疡病人吃了奥美拉唑，疼痛症状一般都可以很快的消失，但是如果时间久了，很多人就会出现嗳气，饱胀感很明显的状况，其实这就是长期服用奥美拉唑的后遗症。奥美拉唑可使用药者出现恶心、腹胀、上腹部疼痛、腹泻和便秘等不良反应，甚至可使用药者出现转氨酶和胆红素升高。不过，这些症状一般较为轻微，不会影响患者继续用药，因此，人们在短期内（3个月内）使用奥美拉唑是安全的。

不过，奥美拉唑抑制胃酸的作用较强，人们若长期服用此药，就会使胃黏膜的功能受到影响，出现胃粘膜萎缩，同时还会影响人体对一些富含膳食纤维食物的消化，从而容易使人患上慢性萎缩性胃炎。维生素B12和叶酸的吸收有赖于胃内的酸性环境，长期抑酸会影响其吸收，引起B族维生素缺乏症和巨幼细胞性贫血。长期抑制酸会影响胃内铁的吸收，引起缺铁性贫血。

此外，有动物实验表明，奥美拉唑可引起胃底部和胃体部分泌细胞（肠嗜铬细胞等）增生，因此长期服用此药有引起胃癌的可能。奥美拉唑偶尔会影响内分泌系统，造成男性乳腺发育。奥美拉唑在体内经肝脏微粒体细胞色素P450氧化酶系统代谢，代谢物的80%经尿排泄，为减少对肝肾功能的影响，对于肝肾功能不全者要慎用或者减量。

虽然奥美拉唑在临床应用过程中相对比较安全，但是也要在医师指导下规律正确的服用，对于溃疡病者建议按疗程服用。而对于贲门癌，食管癌术后长期胃酸反流的病人可以使用其他方法减轻症状，比如改善饮食习惯，适当口服伊托必利促进胃肠动力或者使用中药改善。