“修剪基因”：讓人絕望的遺傳病將被改寫

摘要：2015年發表了這樣一篇研究文章：下圖這個小朋友大概14歲，把他身上攜帶突變的細胞取出來，在體外做基因編輯的修復，然後把肌肉細胞變成多能幹細胞，之後再分化成正常的肌肉細胞。十年前還沒有基因編輯，科學家想出另外一個方法，直接給病人一個迷你版本的DMD正常基因。

出品 | 新浪科技《科學大家》、墨子沙龍

撰文 | 仇子龍中國科學院上海生命科學研究院神經科學研究所研究員

基因治療與腦疾病有什麼關係呢？首先我們需要了解基因是什麼？基因就在我們的細胞裏面，細胞裏有30億個鹼基對組成我們所有的基因，基因編碼我們的皮膚、肌肉、心臟、大腦等人體的一切組織和器官。每個人的基因都是父親給一半，母親給一半，很多病是因爲基因突變引起的，我們稱爲遺傳病。有些病跟父母的基因有關，有些是父母身上沒有這個基因，是孩子身上自發突變的，都被叫做遺傳病。總之，它是基因突變導致的一種疾病。

這種遺傳疾病的治療通常很麻煩，因爲基因在我們每個人的身體裏面，從生下來那一刻就沒有變過，我們怎麼改變他們？如果基因壞了，我們怎麼修復他們？這就是我們想研究的課題。

現在我們有辦法一步一步修復讓我們得病的基因。最新的基因修復工具，叫CRISPR/Cas9。

強大的基因編輯工具CRISPR/Cas9 竟是細菌防禦天敵的武器

基因編輯工具最早是生物學家在實驗室裏研究的一種用來修改DNA的方法。它們是某個聰明人設計出來的嗎？完全不是。這個工具的壽命長達數億年甚至幾十億年，存在於細菌體內，是細菌反抗天敵的工具。細菌的天敵叫做噬菌體，細菌就是一個細胞，噬菌體會抓到細胞上，把細胞喫掉，但是細菌不會坐以待斃，怎麼辦呢？它們演化出來一套很複雜的系統。

CRISPR/Cas9——目前最強大的基因編輯工具，原來是細菌防禦天敵噬菌體的武器

當噬菌體感染細菌的時候，把自己的DNA注射到細菌裏面，噬菌體用基因消滅宿主並完成自身基因的複製。在這種情況下，細菌進化出了一套非常強大的工具。細菌會把這個噬菌體DNA記下來，然後把噬菌體的DNA拷貝到自己的基因組裏面，根據基因組的序列，設定出一套跟它匹配的RNA，根據RNA做一套酶去剪切噬菌體的基因。

相當於，當噬菌體第一次來的時候，細菌先被動防禦一下，但細菌會記住噬菌體的樣子，噬菌體再來的時候，就像現在人臉識別非常準確，細菌會把之前專門存的信息讀取出來，然後生出一套很大的DNA剪切酶，把入侵的噬菌體的DNA破壞掉了。

說起來匪夷所思，我們都想不到。

直到2012年科學家才發現這套工具，之後這套工具就被科學家馴化了，細菌可以設計識別出噬菌體序列，那麼人類基因組任何一個地方都可以當作假想的噬菌體。科學家把這套系統設計了一下，變成了可以識別生物體內任意序列的工具。

這套系統首先被Doudna 和Charpentier這兩位科學家發現，他們獲得了由谷歌贊助幾百萬美元的突破獎。2013年1月份，科學家George Church和華裔科學家張峯第一次在哺乳動物細胞裏面實現了定點基因的編輯。這套工具（CRISPR/Cas）是有史以來最精確的基因編輯工具。

面對基因疾病，這套工具顯能手！

編輯基因能幹什麼呢？我們做科學實驗，從研究基因的功能，到做一個基因修飾的動物，到動物模型，都需要基因編輯工具，所以現在已經成爲全世界做基因（研究）的科學家實驗室的必備工具。但是更重要的是，這個工具有可能被用來修復基因突變，有可能用來治療遺傳病。

舉個例子，上圖這個病的名字叫DMD，中文名字叫杜氏肌營養不良疾病，是一種致死性遺傳病，它就是基因突變導致的，這個病只在男孩兒中發生，因爲基因突變發生在X染色體上，女孩攜帶突變的基因但不會發病。

這個病的進程非常殘酷，小朋友兩三歲的時候沒事，慢慢的肌肉裏面的筋就會逐漸積累有毒的蛋白質，到後來會失去所有的行動能力。不只是四肢的肌肉會萎縮，負責呼吸的肌肉和負責心跳的肌肉也會慢慢萎縮。突變的基因影響了全身所有肌肉的正常功能，最後小朋友在十幾歲只能癱在輪椅上，可以想像患者基本活不過二十歲，就會因爲呼吸衰竭死去。

科學家研究這個疾病幾十年，找到了原因，就是因爲一個基因突變，導致肌肉裏的蛋白質失去了功能。

下圖是2015年幾位美國科學家對小老鼠做的實驗，他們給小老鼠攜帶上同樣的基因突變，叫DMD小鼠模型，小鼠會癱瘓，也是致死的。他們用最新的基因編輯的方法，給小老鼠患病的基因做了編輯。比如說，本來在這裏有一個基因突變，基因序列變成了終止密碼，就讀不下去了，蛋白表達終止，現在用基因編輯的剪刀把這塊有毒的基因，叫外顯子，把它切掉，缺了一塊但仍然可以讀下去，這個基因儘管是不完整的，但是仍然獲得了一部分的功能。

小鼠經過治療，活了下來。這個實驗第一次讓我們看到了CRISPR/Cas用作基因治療的工具有可能在小老鼠身上成功。

但是怎麼對人用？小老鼠畢竟不是人，怎麼把這個工具安全有效地轉到人身體裏面？這是非常難的課題。科學家努力了十幾年，最近剛剛有了突破。

科學家用的就是這樣一種病毒作爲載體來幫忙，這個病毒還是大自然母親的傑作。這個病毒叫AAV：腺相關病毒，是一種不會使人得病的病毒。這個病毒裏面自己的基因都被科學家刪掉了，只留下我們想留下的治病的基因，或者是基因編輯的工具等。所以現在可以用改裝過的病毒載體開展基因治療。

腺相關病毒作爲基因載體還有另外一種可能性，就是“幹細胞”治療，也是科學家一直在測試的。2015年發表了這樣一篇研究文章：下圖這個小朋友大概14歲，把他身上攜帶突變的細胞取出來，在體外做基因編輯的修復，然後把肌肉細胞變成多能幹細胞，之後再分化成正常的肌肉細胞。那麼是不是可以把他修復好的肌肉細胞打到身體裏面去？幫他行使正常的肌肉功能，這也是非常有前景的領域。

但是這個工作還在進展當中，小朋友2015年已經14歲，今年已經18歲，已經成年了。他每一天的病情都在不斷惡化，所以能不能有辦法馬上讓他的病情得到扭轉？我們現在可以用AAV基因載體的工具，先裝載一個小版本的基因治療他。

十年前還沒有基因編輯，科學家想出另外一個方法，直接給病人一個迷你版本的DMD正常基因。這兩位學院派的教授，是美國北卡羅來納大學教堂山分校專門研究病毒的教授，一位叫Samulski，另一位肖嘯教授是他的第一位博士生。師生兩人原來只是研究怎麼找到病毒的載體、研究病毒的生物學。後來他們發現病毒可以作爲載體來治病，於是他們就用病毒做載體的方法，來看能不能治療DMD。

他們2014年共同成立了Bamboo Therapeutics基因治療公司，就用AAV作爲載體來治療DMD。2014年的時候,他們證明AAV病毒是能夠安全有效給人用的，不會讓人得病。但是怎麼來把DMD基因運送進人體還有一個問題，它是人類最大的基因。這麼大一個基因，病毒載體是有限的，它裝不進去。怎麼辦呢，他們把DMD基因做成縮小版本，爲了知道管不管用，他們摸索了十幾年的時間，在小鼠身上，甚至在一個天生有DMD疾病的狗身上進行試驗，把狗的DMD治好了。最值得振奮人心的是，經過十年的安全有效性的實驗，他們終於有機會在人身上嘗試。

基因治療大幅改善DMD患者身體狀況

在Facebook上可以找到，這是一個美國的參與了他們臨牀實驗的小朋友。

左邊第一個是治療前，這個小朋友當時大概五六歲，他上臺階的時候非常困難，因爲他渾身的肌肉已經開始病變。

第二個是他治療1.5個月以後，荷載了正常的名義版本的DMD基因的AAV，被注射到他全身的肌肉，幫助他恢復功能。治療1.5個月以後，是不是好多了？我們都覺得很奇怪，到人身上能這麼快起效嗎？因爲他是給了一個基因，從DNA變成RNA變成蛋白質，還要填到肌肉組織裏去。

圖三是他三個月的時候，在美國的一個棒球場。他爸爸帶他看棒球，他渾身是汗，因爲他爬了很多臺階了，可以看到他很流利的爬臺階。

圖四是四個月的時候，他居然可以下水游泳了，他可以協動全身的肌肉在水裏游泳。最後可以看到，在六個月的時候他在叢林裏奔跑，面對如此複雜的環境，他像正常小朋友一樣在奔跑。

這是用了Samulski和肖嘯教授的AAV-miniDMD方法進行的第一例成功的基因治療。Bamboo公司在2016年被美國最大的製藥公司以6.45億美元收購，然後開展更大規模的臨牀實驗。

這是第一個成功的例子，後來還有一個更令人振奮的例子。DMD是全身的肌肉疾病，肌肉治療相對容易一些，真正難的是大腦疾病。

面對更難治療的大腦疾病，科學家該怎麼辦？

大腦疾病是神經出了問題，全身的神經，從大腦到每一個內臟器官和肢體都有。神經大腦疾病能不能用基因治療的方法治療？這兩年出了非常好的消息。有一種神經系統疾病叫做脊髓性肌肉萎縮（SMA），它是因爲神經細胞的基因突變，導致神經末梢慢慢萎縮，所以就像渾身癱瘓一樣。

這個藥物已經研發成功，而且已經上市，這種疾病也是用基因的方法治療。SMA的發病率是一萬分之一，算是罕見病，但是在中國，得病人羣很多。這個疾病沒有任何有效的治療方法，因爲是基因得了病。現在有這樣的方法，可以將得病基因修復，把這個病治好。

第一個有效的方法是Biogen研究出來的，Biogen是美國最大的生物技術公司。下面這個圖，人的全身都是神經，這都是神經末梢。怎麼治呢？他們知道是什麼基因壞掉了，他們用一個反義核苷酸的方法把壞掉的基因沉默掉，就是把壞掉的基因關掉，沒有改變這個基因。

但是令人振奮的是這種方法很有效，可以治好這個絕症。2016年這個療法獲得了FDA批准。這個藥物需要打到脊髓裏面，順着人的腦脊液到神經系統來工作。FDA批准意味着它在安全性和有效性上都得到了權威認證。這是一個非常有效的沉默基因的方法，並沒有修復基因。

另外一個小公司叫Avexis，它利用AAV的方法，像DMD一樣，把正常的基因運送到全身各處。這個方法很難，因爲神經系統不像肌肉，可以進行肌肉注射，大腦治療也很難，需要AAV像定向導彈一樣往大腦裏走。他們得到初步的臨牀實驗結果，發現效果非常好，持續非常久。

2018年業內一個大消息，製藥業巨頭諾華花了87億美金收購了這家公司。大的製藥公司覺得一個新的藥物出現了，基因治療的藥物確實是有可能的。

跟大家說了這些病，我們課題組的努力在眼科疾病。其實美國和歐洲的研究比我們領先，我們是有點落後的,畢竟剛開始。

最新的一個基因治療的眼科藥物（AAV方法）在美國上市了。因爲視網膜慢慢的突變，會發生眼科疾病。三年前我們與中國科技大學的薛天教授合作，想開發一個新的基因編輯修復突變的方法，能不能用基因編輯的方法真正的修復基因。這個基因編輯很多人用，但是還沒有人做到把體內細胞的突變修復。

我們想做原始創新，要做一個別人沒做到的方法。下面這幅圖右邊是我自己回國後的第一位博士生程田林博士，已經畢業三四年了。他想設計一些基於基因編輯的突變修複方法，他設計出的這個方法比較複雜，這個文章很快就要發表了。我們的想法是能不能裝一個定向導彈把它定點修復呢？我們就用這個方法，在薛天老師的實驗裏，打到失明小鼠的視網膜裏面去。這是一個攜帶視網膜基因突變的模型小鼠（見下圖），基因突變以後蛋白質就消失了，視網膜就失明瞭。用原位的精確修復的方法，可以看到A變成C，原來中止的蛋白質的就讀通了。這個方法就把蛋白質基因突變修復了一下，把蛋白質救回來。救回來之後小鼠能夠恢復光明嗎？這是我們不知道的。

我們給視網膜做了一個反射試驗，正常的視網膜照一下強光，瞳孔會收縮，失明的就不會收縮。我們修復過以後，瞳孔開始產生了光反應的狀況，說明基因修復好以後，蛋白質開始工作，讓眼睛開始慢慢感光了，也發現視網膜定位的功能也慢慢修復了。經歷兩年多的時間，小老鼠恢復了光明。我們修復失明的過程雖然不是很完美，但是讓它慢慢恢復了光明，這是第一步，走出了從0到1的第一步。

上圖是我們現在所有的進展，非常令人振奮。我剛纔說的這些病，聽上去都是絕症，但很多基因藥物都已經上市了。血友病在進行第二期臨牀試驗，地中海貧血在臨牀實驗，帕金森也在第二期臨牀試驗。我們看到最近三到五年之內，有大批的基因治療的藥物即將上市，我們也希望有更多基因治療的藥物在中國有更多的臨牀實驗，惠及到中國的病人。

注：文章整理於仇子龍老師在墨子沙龍上的演講，有刪減。