從萬曆十七年以後，努爾哈赤繼續擴大統一女真，成了他用兵的主要趨向。除了以武力征服，或用和平方式招徠，統一建州女真餘部，更主要的是把統一的目標放在海西女真及東海女真各部。萬曆十七年，努爾哈赤領兵徵趙家（兆嘉）城，殺其首領寧谷欽（寧古親）《清太祖武皇帝實錄》，卷1，9頁。。趙家城仍屬於蘇子河流域，這次用兵就帶有統一建州女真餘部的性質。

　　把統一的範圍向更遠的方面擴大，始於徵長白山鴨綠江部。鴨綠江部在棟鄂部的東南，因在鴨綠江岸得名。萬曆十九年（1591年），努爾哈赤派兵去攻城略地，一舉盡克，勝利而回《滿洲實錄》，卷2。。

　　努爾哈赤的統一及其勝利，在女真內部引起強烈的反響。不僅一個個被征服的小部落隨時進行抵抗，力量相當或大於努爾哈赤的也忍不過出來干涉，或進而聯合起來與他抗爭。萬曆十九年（1591年）葉赫的首領納林布祿派部下伊勒當、阿拜斯漢二人到努爾哈赤那裏威脅他說：“烏拉、哈達、葉赫、輝發、滿洲，整個的是一家，難道應該有五個王嗎？你們人多，我們人少，可把你們的額勒敏、扎庫木兩個地方，任選一個讓給我們。”努爾哈赤爭辯說：“我們是滿洲，你們是呼倫，你們國家大，我們不應該要，我們國家大，你們也不能強取。何況一個國家，比不得牲畜，豈有隨便分給別人的道理！”《清太祖武皇帝實錄》，卷1，9頁。

　　葉赫納林布祿向努爾哈赤要地不予，很不甘心。他的力量已趕上哈達，鋒芒畢露。他聯合哈達、輝發兩部，各派遣使臣，再次到努爾哈赤那裏挑戰。葉赫使臣傲慢地聲稱：“過去要地不予，讓你歸順又不從，兩家化爲仇敵，只有我們的兵能打到你處，你們的兵敢來我們的土地上嗎？”一番話激怒了努爾哈赤，抽刀斷案，當場反擊。他說：“你的主子兄弟，什麼時候和人打過仗，交馬接刃，碎爛甲冑？往年孟格布祿、歹商叔侄自相殘殺，像兩個小兒爭喫骨頭一樣，你們趁火打劫，根據什麼把制伏我也看得那麼容易？你的四境，真的有高牆可以阻擋嗎？我即使光天化日去不了，晚間也能去到那裏，你們能把我怎麼樣？虛張聲勢，究竟要幹什麼？過去我父親被大明誤殺，給我敕書三十道，馬三十匹，送還屍首，坐受左都督敕書，續封龍虎將軍大敕一道，每年給銀八百兩，蟒緞十五匹，你的父親也被大明所殺，他的屍首，你收到了嗎？”把這些話寫成信，派人送到葉赫，要當面對納林布祿朗讀，被布寨制止。努爾哈赤竭力表白自己的勇敢、自信和有明朝的支持。就這樣，仍有一些女真大小部落不願服從他的統一。此後不久，長白山所屬朱舍裏、訥殷二部，共同勾結葉赫兵，將建州東部葉臣所佔據的洞寨劫去。這一切反映出葉赫是努爾哈赤進一步統一的障礙。但是，論形勢和力量，一時間還不可能除掉這個葉赫。有人把葉赫支持反統一的情況報告給努爾哈赤，他無可奈何地表示相信“水必下流”，千條小河終究要歸入大海。

　　以反統一的各種勢力爲一方，以繼續擴大統一成果的努爾哈赤等爲一方，兩者進一步的較量是不可避免的。自從努爾哈赤把統一女真的範圍擴大到建州的邊遠各部及以外各部以來，葉赫等就開始了反統一的聯合。努爾哈赤不斷地粉碎了他們爲數較少的幾次串聯，他們不肯就此罷休。因此釀成了古勒山大戰，即努爾哈赤與葉赫等九部聯軍的一場決鬥。

古勒山大戰發生在萬曆二十一年（1593年）九月。主動挑起這場戰爭的是葉赫首領布寨、納林布祿，哈達首領孟格布祿，烏拉首領滿泰弟布佔泰，輝發首領拜音達裏，嫩江蒙古科爾沁首領翁阿岱、莽古、明安，錫伯部，卦勒察部，朱舍裏部首領裕楞額，訥殷部首領搜穩塞克什，各率所部，共九部兵，會聚一處，分三路向努爾哈赤所在地攻來。這是努爾哈赤起兵以來遇到的最嚴重的局勢。雖然他在以前的所有戰爭中都取得了勝利，也有了一定的力量和經驗，但是對付這麼多的敵人，畢竟是第一次。他膽大心細，不作等閒視之。努爾哈赤接到情報後，派人東向探視，走出百來裏，見烏鴉成羣噪叫，知敵兵非從此路攻來；又轉向西行探視，入夜，見渾河北岸敵人兵營，“火如星密”，回來報告。努爾哈赤說：“人們都傳葉赫最近要發兵來，現在證明這是真的。”爲了不使城內人民受驚，傳令天明出兵。所有應佈置的事一一處理完畢，他從容不迫地回到家裏睡覺。他的夫人很不安，推醒他問：“現在九部兵馬攻來，你爲什麼還睡大覺，是糊塗，還是害怕？”努爾哈赤坦然回答：“害怕敵人的人一定睡不好覺，我因不怕敵人，所以我能熟睡。”他又解釋說：“傳說敵人要來，沒有見到，心神不定；現在已經知道敵人來了，我們就安心了。我相信，有天的保佑，他們反對我，不會有好下場。”說完以後，繼續睡覺養神。

　　第二天，努爾哈赤喫過飯，作戰鬥部署：一是率將領謁廟拜神，請求萬靈神祇，令敵人垂首，我兵奮揚，就是對將士進行精神鼓勵；二是把兵帶到拖索寨，站在渡口，命令軍士解開臂手，頓項留下，以便輕裝上陣；三是向扎喀關進軍，準備迎敵。因爲敵人見扎喀關難攻，轉向赫濟格城，兩軍沒有立即交鋒。

　　擺在努爾哈赤面前的難題是，敵衆我寡怎麼辦？探子不斷來報告，敵兵甚多。從葉赫營中逃來一人詳細報告了九部兵數，計葉赫一萬，哈達、烏拉、輝發一萬，蒙古等三部一萬，共三萬。努爾哈赤部下有人聽到敵人兵多，異常畏懼。努爾哈赤安慰他們說：“你們大家不必憂慮，我不會白白讓你們送命。”原來他胸有成竹，已想出破敵妙計：第一，誘敵深入。我立險要，誘彼來戰，彼來我迎；誘而不來，我則四面分列，步行徐進。第二，專打頭目。敵人頭目很多，雜亂不一，烏合之衆，退縮不前，領兵前進者，一定是頭目，我兵見之即打，傷敵一二頭目，敵兵自己會敗走。第三，集中兵力。我兵雖少，併力一戰，必能獲勝。

　　又過了一天，努爾哈赤率兵出戰了。葉赫兵先攻赫濟格城，一次攻不下，又繼續攻，努爾哈赤把兵帶到了古勒山，面對赫濟格城，佔據險要，命令諸貝勒、大臣，各領所屬部下分頭防備。一切佈置妥善，命令額亦都帶領一百名兵士前去挑戰。葉赫兵果然不攻赫濟格城，而來迎戰。兩軍剛一交鋒，葉赫兵就被傷了九人，銳氣受挫，稍稍後退。布寨、金臺石及蒙古科爾沁三頭目領兵合攻一處。金臺石是納林布祿之弟。布寨正要突陣，忽然他的馬被木樁撞倒，努爾哈赤手下一卒武談，彎弓射去，布寨應弦而斃。葉赫兵見其首領布寨一命嗚呼，皆號啕大哭。所有同來的頭目，聞風喪膽，誰也顧不得照料自己的兵馬，只知道個人逃命。努爾哈赤縱兵追擊，殺得敵人屍滿溝渠，直追到哈達境內。第二天，一人生擒布佔泰，原不知是他，縛送到努爾哈赤那裏，細問來歷，布佔泰才暴露自己的身份，並說，“生死只在貝勒”。努爾哈赤對他說“生人之名勝於殺，與人之名勝於取”，遂釋其縛，留而養之。經過古勒山大戰，努爾哈赤殺敵兵四千人，獲馬三千匹，盔甲千副，最主要的“滿洲自此威名大震”《滿洲實錄》，卷2，又《三朝遼事實錄》記此事時間晚二年，九部聯軍兵數則稱七八萬人。。

　　古勒山大戰之後，努爾哈赤統一女真的大業有了更爲迅速的進展。戰爭剛一結束，即刻招降了朱舍裏部，又花了三個月的時間包圍並攻下了訥殷部的佛多和山，斬其首領搜穩塞克什。萬曆二十三年（1595年）六月，努爾哈赤領兵徵輝發部，攻多壁城，克城斬將，全勝而返，勢力發展到今吉林省輝南縣。但是，東向統一遇到了阻力。不是別人，正是烏拉布佔泰從中作梗。布佔泰被俘後收養多年，萬曆二十四年遣回本部，繼其兄滿泰爲烏拉部酋長。他請葉赫來使招降了東海瓦爾喀部的安楚拉庫、內河二處的路長。萬曆二十六年(1598年)正月，努爾哈赤命幼弟巴雅喇、長子褚英與噶蓋、費英東等領兵一千往徵安楚拉庫路，星夜急馳，取屯寨二十餘處，其餘盡數招降，獲人畜萬餘《滿洲實錄》，卷2。。對輝發多壁城及安楚拉庫的征服，既是統一的擴大，也是爲爭取新的勝利掃清道路。

　　萬曆二十七年（1599年），哈達與葉赫互戰，哈達勢弱，其酋長孟格布祿以子爲質，求援於努爾哈赤。當派去費英東、噶蓋領兵二千往助時，孟格布祿又聽信葉赫首領納林布祿的引誘，陰謀殺害援兵。努爾哈赤聞訊，當年九月發兵攻哈達，以弟速爾哈赤爲先鋒，攻破其城，城在今遼寧省開原縣城東南古子。大臣揚古利生擒孟格布祿，盡收其衆。扈倫四部，哈達成爲最先被努爾哈赤滅亡的一部。此後努爾哈赤勢力的高漲在朝鮮都產生了巨大影響。兩年以後朝鮮人曾這樣說：

老酋聲勢已張，威行於西北，諸胡莫不慴伏，憑陵桀驁，已有難制之漸。《李朝實錄》，宣祖卷142，19頁。

　　輝發首領拜音達裏在葉赫與建州之間，搖擺不定，朝秦暮楚，其基本傾向是抵制努爾哈赤實現女真的統一。萬曆三十五年（1607年）他有了一點機會，就修城築牆，裏外三層，抗拒努爾哈赤。這年的九月九日，努爾哈赤親自領兵徵輝發，十四日大兵一到，立刻將其城攻取，殺了拜音達裏父子，盡屠其兵，招降其民，輝發從此滅亡。這是繼哈達之後，扈倫四部中第二個被努爾哈赤統一的。

　　艱難的戰鬥是徵烏拉。烏拉城在今吉林省吉林市北六十里，爲當時最大的城，所轄範圍也很廣泛，又是努爾哈赤向東北發展的必經之路。對它是非攻不可，但是要花更大的力量。烏拉首領布佔泰，此人雖無特殊本領，而抵制努爾哈赤對他的進攻卻也算能竭盡全力。萬曆三十五年以後，努爾哈赤就以相當大的精力對付布佔泰。那一年烏拉控制的東海瓦爾喀斐優城頭目策穆特赫來降，努爾哈赤派速爾哈赤、褚英等率兵往迎，布佔泰調動上萬大軍從中阻攔，被擊敗。在滅亡了輝發以後，萬曆三十六年，再令褚英及阿敏領兵五千徵烏拉，包圍並攻克宜罕山城（吉林市龍潭山城）。布佔泰萬分恐懼，希望和好，又請求努爾哈赤將其女兒許配給他。努爾哈赤願以和平方式取烏拉，就答應把親生女兒許給布佔泰。這時努爾哈赤已臨近完成統一女真大業。萬曆三十七年（1609年）朝鮮人見到他勝利在望說：

　　故遠近部落，幾盡服屬，所未及吞併者，唯汝許（葉赫）、海東、海西數敗賊而已。《李朝實錄》，“光海君日記”，卷14，8頁。

　　萬曆四十年（1612年），烏拉布佔泰又背盟，兩次掠東海窩集部內呼爾哈部，要娶努爾哈赤已給了聘禮的葉赫首領布寨的女兒，又以骲箭射努爾哈赤侄女，等等。努爾哈赤忍無可忍，於九月二十二日領兵往徵。二十九日至烏拉部，沿烏拉河前進，烏拉兵見努爾哈赤所部銳不可當，皆無鬥志。努爾哈赤指揮部下，攻破沿河五城，布佔泰又一次花言巧語，請求講和，遂罷兵班師。第二年，布佔泰又背盟，努爾哈赤只好再次領兵徵烏拉，同布佔泰進行最後一次決戰。布佔泰領三萬大軍抵抗，努爾哈赤披堅執銳，身先士卒，見此情景，軍士皆歡騰雀躍，呼聲震天。布佔泰三萬人全部步行列陣，努爾哈赤部下也舍騎步戰。兩軍矢如風發雪落，聲如羣蜂飛舞，殺氣沖天。烏拉兵遭重創，十損六七，四散逃跑，烏拉從此滅亡，所屬城邑全爲努爾哈赤統一。除葉赫得到明朝支持，尚自成部，其餘女真各主要部落都歸屬了努爾哈赤的統治。也可以說，一個新的民族共同體滿族，就在這個時候，由於經濟的發展，又經過內部長期激烈的鬥爭，穩固地形成了。努爾哈赤在滿族形成的過程中發揮了積極的作用，做出了歷史性的貢獻。