江阴城抗清的首领最初是典史陈明遇和训导冯厚敦。他们虽然有着满腔热血，却苦于没有军事指挥能力。于是，找到了闲居于江阴城外的前任典吏阎应元。阎应元说：“你们能从我则可。不然，不为你们主持。”众人回答：“敢不惟命是听？”

于是，阎应元便成为江阴抗清首领。阎应元、陈明遇、冯厚敦，他们本来都是读圣贤书的秀才出身，并不是行军打仗的武将。可是，他们率领全城军民顽强抵抗，打败了清军一次又一次的进攻。

最初，清军没有将这群“乌合之众”看在眼里，派来的并非精锐力量。接二连三吃了败仗后，清军开始重视江阴了。他们派出了最精锐的八旗军，军队总数多达20余万人，各式大炮200余门。参与攻城的有后来晋封为亲王的博洛（端重亲王）和尼堪（敬谨亲王），以及恭顺王孔有德。

江阴城依然岿然不动。最后，清军集中200余门大炮，在大雨的掩护下强行攻城，这才攻陷了城池。到这时为止，阎应元、陈明遇、冯厚敦三人率部抵抗清军达81天之久。

81天的血战，他们共杀死清军精锐7.5万人，干掉三个王爷、18个大将。

江阴全城军民有10万人，大部分战死，少部分在城破后被清军杀掉，仅53人躲在寺观塔上保全了性命。