今天给大家介绍的文献是2019年7月发表在《cells》（IF= 5.656）上的一篇文章。

根据文章题目，我们可以比较清晰的得知整篇文章的主题，“Gastrointestinal Cancer”（疾病），“ARID1A mutation”（分子），“Immune activity”（主要方向）

基础研究有五恒量三变量；而对于生信研究，酸菜大大同样总结了“挑”、“圈”、“联”、“靠”四字逻辑规律，下载尽可能多的数据，做尽可能多维度的分析，产生琳琅满目的生信图表。下面，让我们沿着这个规律，来拆分讲解一下这篇文章。

“挑” 差异表达

1. 数据来源：

1) 根据疾病，作者共选择了3个不同的数据集，包括两个胃癌和一个结肠癌，分别是：

STAD-1 (胃癌，来自亚洲癌症研究小组(Asian Cancer Research Group (ACRG)/GSE62254)；

STAD-2 (胃癌，来自TCGA数据集)；

COAD (结肠癌，来自TCGA数据集)；

2) 免疫浸润水平

通过ssGSEA算法获取了肿瘤样品中6种免疫特征的水平；

3) 肿瘤非整倍性的水平

通过ABSOLUTE算法获得了样品的非整倍性水平评分；

背景小知识：肿瘤的非整倍性，包括整条染色体或染色体臂的不平衡，被认为是所有癌症的普遍特征；

这里，阿琛建议小伙伴们可以将ssGSEA算法和ABSOLUTE算法去了解了解，这是从多角度评价肿瘤情况较为实用和简便的方法！

2. 差异分析：与常规文章中分子差异分析不同，作者立足于ARID1A突变，展示了ARID1A突变与野生型GI患者在不同的免疫学特征，免疫刺激/免疫抑制的比值，以及HLA基因的表达差异，提出ARID1A突变与免疫激活这一科学问题；

“圈” 功能聚类

基于科学假设，作者通过GSEA进一步说明ARID1A突变的GI患者中存在多种免疫相关的通路富集；

“联” 交互网络

使用ARID1A基因的突变水平（野生或突变型），TMB（肿瘤中的总体细胞突变数）和肿瘤非整倍性评分三个不同的预测变量水平来预测肿瘤免疫活性。

1. GI患者的ARID1A突变与TMB增加和肿瘤非整倍性水平降低相关

背景小知识：TMB与肿瘤免疫特征和免疫治疗反应呈正相关，而肿瘤非整倍性水平与它们呈负相关；

作者发现，三组中ARID1A突变患者的TMB明显升高，而非整倍性水平下降；

随后，作者基于三个预测因子，通过逻辑回归模型建立了预测免疫活性模型，结果提示ARID1A突变在三组中均表现为阳性预测因子；

2. GI患者的ARID1A突变与微卫星不稳定性（MSI）基因组特征相关

背景小知识：ARID1A通过与MMR蛋白MSH2相互作用可以促进错配修复（MMR）；ARID1A的缺失可引起MMR，进而与MSI的基因组特征相关；

作者发现，ARID1A突变与微卫星不稳定性（MSI）基因组特征和MMR基因存在正相关；同时，高MSI的患者呈现为TMB明显升高，非整倍性水平下降，以及高度的免疫特征；

“靠” 临床意义

ARID1A突变与胃肠肿瘤中PD-L1表达升高和癌症中的免疫检查站封锁疗法反应良好相关

鉴于ARID1A突变的GI患者的PD-L1表达水平明显升高，作者使用三个免疫治疗相关的数据集，进一步探究了ARID1A突变与免疫检查点阻断治疗反应的相关性。

结果提示，对于ARID1A突变的免疫治疗GI患者，治疗反应更好，且提示预后较好；然而，对于未接受免疫治疗的GI患者而言，ARID1A突变并不意味着明显的生存获益。

到这里，这篇文章的主要结果基本结束了，是不是觉得意犹未尽呢？让我们再一次梳理一下全文的思路：

作者从ARID1A突变入手，结合TMB和肿瘤非整倍性评分，阐述三者与肿瘤免疫反应直接的关系；同时，说明了ARID1A与MSI之间的相互影响；最后，以PD-L1为桥梁，说明ARID1A突变结合免疫治疗能使患者从治疗中获益。

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