抗戰1940年百團大戰的後期，更嚴重的是，日軍修復交通線的能力大大出乎了八路軍方面的預料。日軍在搶修交通線後，於十月六日起開始，對正太路兩側以及八路軍抗日根據地發動了大規模的報復性掃蕩。八路軍立即轉入百團大戰的第三階段作戰，即反掃蕩作戰。

八路軍的反掃蕩作戰持續了四十多天。這一期間，八路軍和抗日根據地的民衆與日軍展開了殊死戰鬥，日軍付出了傷亡代價，八路軍和抗日民衆也傷亡慘重。

特別是日軍爲“摧毀共軍生存條件”而實行的“三光”政策，使抗日根據地受到巨大的摧殘：日軍進入根據地“見人就殺，見東西就搶，見房屋就燒。和順縣石柺鎮先後被燒了五次，村莊成爲一片焦土；在平西馬家莊，日軍將百姓逼到一所大房子裏，一把火燒死二百九十多人。

僅太嶽區沁源一個縣，就有五千男女老幼被日軍殘殺，在沁源縣城，僅姚家院一處就燒死一百三十七人；在韓洪鎮，日軍把從山中搜出的躲藏羣衆四百多人集中到龍王廟內，一齊燒死”。

鑑於日軍已經進入到根據地，八路軍依據“敵進我退”的游擊戰術，轉至日軍佔領區進行襲擾，繼續打擊日軍恢復的據點和交通線。

一九四一年一月二十四日，日軍全面撤退。

歷時五個多月的百團大戰正式結束。

百團大戰沉重打擊了侵華日軍對抗日根據地實施的“囚籠政策”，致使日軍在整個華北的交通線遭到嚴重破壞，能源基地被徹底搗毀，主要大的碉堡和據點均被削平，大量的有生力量被殲滅。

日軍戰史記載：“昭和十五年度（一九四〇年），華北方面軍的傷亡總數爲，戰死五千四百五十六名，負傷一萬二千三百八十六名。”

更爲重要的是，百團大戰發生在中國抗戰進程危機四伏的“一剎那”，中國共產黨以自己領導的武裝力量的決絕作戰，“無情地打擊了一切誘降勸降的陰謀毒計，揭穿了一切投降妥協分子，反共反八路軍之內戰製造者的鬼臉，以無限的鼓舞，興奮了廣大抗日軍民，堅定了他們抗戰勝利的信心，爭取了時局的好轉。因此百團大戰的意義，不僅取得軍事上之偉大勝利，亦更取得政治上之偉大勝利。”

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