清后期，政治腐败，老百姓税赋沉重。由于清廷具有部族政权特色的清朝政府，一方面以防汉政策，虽然维持了长达百年的“盛世”统治，但另一方面，又有“多少英雄汉，困死在高床”。自鸦片战争之后，清王朝已是日落西山，气息奄奄，不复有往日的荣华，更为严重的是，各地反抗政府当局的运动此起彼伏，使这个畸形帝国已经病入膏肓。

这期间，从1844年开始，洪秀全由于受一部名为《劝世良言》的宗教书籍的影响，而创立了拜上帝会。经过几年的发展，上帝会吸收了大量百姓参加，其中就有数量不少的客家人。随后在洪秀全和冯云山、杨秀清、萧朝贵等人的宣扬组织下，上帝教在两广地区迅速壮大。1851年1月11日，在洪秀全的领导下，于广西金田正式宣布起义，建号太平天国，从此，一场轰轰烈烈的农民战争开始了。

一场由农民主导的太平天国运动，历经十余年，席卷大半个中国，太平军于1853年3月29日攻克南京改名为“天京”，并定都南京为太平天国的国都。但好景不长，由于受到清政府以及清廷顾请洋人的轮番围剿，再加上太平天国内部的矛盾、分裂，于1864年天京失陷而告终。太平天国的忠王李秀成、干王洪仁和幼天王洪天贵福等人相继被曾国藩杀害，忠王李秀成的弟弟侍王李世贤经广东逃往福建，在福建漳州一带坚持斗争，并斩杀了清福建提督林文察等人。此后半年间，他在漳州招兵买马，其中也有不少是客家弟子成为了反清战士。他们积极联络外国，打出了“复兴太平天国的旗号”，曾一度控制了闽南三分之一的地盘，军队扩充到二十多万。

1865年春，左宗棠率分路并进，围攻漳州。李世贤力战不敌，撤至永定，后来在前往广东蕉岭途中被部下汪海洋所杀。但是，李世贤部下仍然有近10万余人，除了一部分人乘上了欧洲奴隶贩子的轮船，远渡重洋到了秘鲁境内成为了“契约矿工”外，其中大部分的客家弟子却在一夜之间神秘消失了。