清後期，政治腐敗，老百姓稅賦沉重。由於清廷具有部族政權特色的清朝政府，一方面以防漢政策，雖然維持了長達百年的“盛世”統治，但另一方面，又有“多少英雄漢，困死在高牀”。自鴉片戰爭之後，清王朝已是日落西山，氣息奄奄，不復有往日的榮華，更爲嚴重的是，各地反抗政府當局的運動此起彼伏，使這個畸形帝國已經病入膏肓。

這期間，從1844年開始，洪秀全由於受一部名爲《勸世良言》的宗教書籍的影響，而創立了拜上帝會。經過幾年的發展，上帝會吸收了大量百姓參加，其中就有數量不少的客家人。隨後在洪秀全和馮雲山、楊秀清、蕭朝貴等人的宣揚組織下，上帝教在兩廣地區迅速壯大。1851年1月11日，在洪秀全的領導下，於廣西金田正式宣佈起義，建號太平天國，從此，一場轟轟烈烈的農民戰爭開始了。

一場由農民主導的太平天國運動，歷經十餘年，席捲大半個中國，太平軍於1853年3月29日攻克南京改名爲“天京”，並定都南京爲太平天國的國都。但好景不長，由於受到清政府以及清廷顧請洋人的輪番圍剿，再加上太平天國內部的矛盾、分裂，於1864年天京失陷而告終。太平天國的忠王李秀成、幹王洪仁和幼天王洪天貴福等人相繼被曾國藩殺害，忠王李秀成的弟弟侍王李世賢經廣東逃往福建，在福建漳州一帶堅持鬥爭，並斬殺了清福建提督林文察等人。此後半年間，他在漳州招兵買馬，其中也有不少是客家弟子成爲了反清戰士。他們積極聯絡外國，打出了“復興太平天國的旗號”，曾一度控制了閩南三分之一的地盤，軍隊擴充到二十多萬。

1865年春，左宗棠率分路並進，圍攻漳州。李世賢力戰不敵，撤至永定，後來在前往廣東蕉嶺途中被部下汪海洋所殺。但是，李世賢部下仍然有近10萬餘人，除了一部分人乘上了歐洲奴隸販子的輪船，遠渡重洋到了祕魯境內成爲了“契約礦工”外，其中大部分的客家弟子卻在一夜之間神祕消失了。