华中农业大学和南京农业大学两所学校都是211工程，世界一流学科建设高校，都属于全国重点大学，可以称之为全国性大学。不过，两所学校进入211工程大学序列的时间并不相同，华中农业大学是2005年增补进入；而南京农业大学是1997年第一批211工程大学，由此可见，两所学校进入重点大学时间上并不一致，南京农业大学更早一些。

南京农业大学和华中农业大学都是上个世纪院系调整时期，合并多所院校的相关专业组建而成。南京农业大学是以南京大学和金陵大学的农学院为基础，后兼并浙江大学农学院部分农学专业而成立的高校。而华中农业大学则是以武汉大学农学院为基础，并入中山大学、南昌大学、河南大学等学校的相关专业组建而成。从建校班底实力可以看出，南京农业大学建校班底实力更强一些。

南京农业大学事实上属于传统农业类高校，主要针对的是农作物、畜牧业之类的传统农业，涉及的工科项目较少，尤其是在农业相关工学领域，实力相对弱一些，其他方向实力都比较强，尤其是农林经济方面最为突出，学科延展很容易向经管方向发展。水土利用，作物遗传，主要作物育种方向实力也不俗。南京农业大学整体实力较强。

综合来看，南京农业大学的实力胜过华中农业大学一些。这主要是因为南京农业大学建校班底实力更强，而且相对更为完整，很早就建立了培养体系，这几乎是江苏学校普遍现象。另外南京农业大学认可度和知名度要更高一些，毕竟要比华中农业大学更早晋级211工程大学序列，就说明了南京农业大学领先华中农业大学近十年之久。