自从朱元璋驱逐北元，历数明朝的皇帝，从明太祖到崇祯帝，我们会发现拢共有16位皇帝，可为什么今天我们在北京只能看到 “明十三陵”，其它的三位皇帝的陵墓去哪了？原来，在朱棣造反称帝之前，大明朝的首都一直都是南京，这就导致了明朝的前两位皇帝其实都葬在了南京。

如朱元璋的孝陵，就在南京城外钟山脚下，孝陵仿照唐宋陵墓形制，占地22.5平方公里，围墙之内亭台楼阁，宏伟而漂亮的建筑自然所在多有，单是南朝所修建的70座寺庙，都被朱元璋划进了孝陵禁苑中，里面有松树十万株，鹿千头，最有意思的是，在每头鹿的脖子上都挂有“盗宰者抵死”银牌。作为明朝第一个皇帝，明孝陵的守护力量也是非凡，内有神宫监，外有孝陵卫，常备5000多一万士兵日夜保护。后来清朝康熙、乾隆皇帝来南京时，还曾给朱元璋磕了几个头，而那么号称天王的洪秀全大教主，也是给朱元璋磕头之后才敢动手拆除那些明朝宫殿的。

而建文帝朱允炆的下落，至今也是未解之谜，有人说他跑到云南找到相好的沐家保护，从此当了一名僧人，总之明朝帝陵中已经没有了他的位置。

而另一个没有葬进十三陵的皇帝就是明朝第七位皇帝朱祁钰，他本是在土木堡之变后，抢了自己哥哥的皇位，奈何后来于谦被杀，哥哥朱祁镇重新夺位，也就不承认朱祁钰的皇帝身份，将他葬在了北京西郊的金山。直到明宪宗成化年间，才再次为朱祁钰恢复了帝号，王坟改为了帝陵，可毕竟也搬不回十三陵了。

所以，虽然明朝拢共有16位皇帝，可朱元璋、朱允文、朱祁钰三位皇帝并没有葬在北京昌平皇家陵园，这也是明十三陵的来历。