自從朱元璋驅逐北元，歷數明朝的皇帝，從明太祖到崇禎帝，我們會發現攏共有16位皇帝，可爲什麼今天我們在北京只能看到 “明十三陵”，其它的三位皇帝的陵墓去哪了？原來，在朱棣造反稱帝之前，大明朝的首都一直都是南京，這就導致了明朝的前兩位皇帝其實都葬在了南京。

如朱元璋的孝陵，就在南京城外鐘山腳下，孝陵仿照唐宋陵墓形制，佔地22.5平方公里，圍牆之內亭臺樓閣，宏偉而漂亮的建築自然所在多有，單是南朝所修建的70座寺廟，都被朱元璋划進了孝陵禁苑中，裏面有松樹十萬株，鹿千頭，最有意思的是，在每頭鹿的脖子上都掛有“盜宰者抵死”銀牌。作爲明朝第一個皇帝，明孝陵的守護力量也是非凡，內有神宮監，外有孝陵衛，常備5000多一萬士兵日夜保護。後來清朝康熙、乾隆皇帝來南京時，還曾給朱元璋磕了幾個頭，而那麼號稱天王的洪秀全大教主，也是給朱元璋磕頭之後纔敢動手拆除那些明朝宮殿的。

而建文帝朱允炆的下落，至今也是未解之謎，有人說他跑到雲南找到相好的沐家保護，從此當了一名僧人，總之明朝帝陵中已經沒有了他的位置。

而另一個沒有葬進十三陵的皇帝就是明朝第七位皇帝朱祁鈺，他本是在土木堡之變後，搶了自己哥哥的皇位，奈何後來于謙被殺，哥哥朱祁鎮重新奪位，也就不承認朱祁鈺的皇帝身份，將他葬在了北京西郊的金山。直到明憲宗成化年間，纔再次爲朱祁鈺恢復了帝號，王墳改爲了帝陵，可畢竟也搬不回十三陵了。

所以，雖然明朝攏共有16位皇帝，可朱元璋、朱允文、朱祁鈺三位皇帝並沒有葬在北京昌平皇家陵園，這也是明十三陵的來歷。