孙悟空从灵石中出世以后，日日与花果山的猴子们生活在一起。听闻山中猴子提起长生不老之术，孙悟空便撑着一排竹筏漂洋过海，用了十多年的时间才来到了灵台方寸山。到了灵台方寸山脚下，孙悟空遇见了一个砍柴的樵夫，便向他打听了神仙的居处。樵夫向他指明了方向，孙悟空终于寻得了斜月三星洞，拜见了菩提祖师。菩提祖师见是一个无名无姓、无父无母的顽猴，赐了姓名，并收为了徒弟。

可菩提老祖并没有亲自传授他长生不老之术，而是让孙悟空学一些简单的变化和法术，闲时就让孙悟空挑水砍柴，磨练心性。可孙悟空到底是来求长生不老之术。在一天夜深之时，他跑去菩提老祖的住处，向他苦求传授。于是，菩提老祖将七十二般变化、筋斗云等全都传授于他。在孙悟空学成之后，菩提老祖即刻要驱赶孙悟空。原是那菩提老祖自知孙悟空在灵台方寸山的造化至此，其他历练还需要孙悟空前去他处。

在孙悟空与师父拜别之时，菩提老祖千般嘱咐孙悟空绝不可提及他的名字，更不可说自己的一身法术是从他那儿学来的。如若孙悟空违背誓言，即便是追到天涯海角，菩提老祖也要将其法术夺去，甚至是挫骨扬灰。孙悟空听闻此言，无奈之下只得悻悻离开。后来孙悟空大闹天宫，在八卦炉中被烧，这个时候孙悟空要是被烧死，菩提会为他报仇吗？

菩提老祖的西游记中的出现次数仅是开头一次。在孙悟空三打白骨精被唐三藏赶走时，孙悟空曾跑去灵台方寸山。只见过去的道观，已成了被弃用的废宅。菩提老祖是世外高人，在孙悟空学习法术之时，多番以儒释道三家学问来教化徒弟，可见其非同一般的身份。倘若孙悟空仗着菩提老祖的身份，极有可能会变得更加肆无忌惮，在大闹天宫之时也没有多少仙家敢于对他进行阻拦。

孙悟空被太上老君捉入炼丹的八卦炉中，用三昧真火加以煅烧。菩提老祖却并没有现身予以相救。其实这个中缘由在孙悟空遇见樵夫时，便已经道明了。樵夫曾大致这样言语：“那祖师无所不能，可谓自成一家。徒弟众多，却从不过问凡事。”可见灵台方寸山之外的事情，祖师绝不过问。即便孙悟空真被八卦炉烧死，那也是他的造化，菩提祖师未必因此与天界为敌。