为了提高灵敏度应采用黑白照片(宝丽来667胶片)和SYBRGreenIIRNA凝胶染色剂照相滤光器。视频相机和CCD相机等经常用于凝胶文档整理系统的照相设备的灵敏度不同。

SYBR GreenII RNA凝胶染色剂与溴化乙锭染色相比有几个优势。SYBR GreenII本身存在低强度荧光，可以降低胶的背景荧光不必给凝胶脱色以清除染料。

此外，RNA/SYBR GreenII复合物的荧光在甲醛存在条件下不会猝灭，这就避免了在染色之前洗掉凝胶变性剂。

最后一点，SYBR Green II不会干扰Northern印迹分析中RNA向滤膜转移或者随后的杂交过程，只要在预杂交和杂交缓冲液中加入0.1% - 0.3%的SDS即可。

尽管推荐的SYBR染色是在电泳完后对凝胶染色，SYBR Green II也可以在灌胶过程中加入凝胶中，但是实验技术人员警告这样可能会影响RNA的迁移速率。

薄的(0.4~ 1.5mm)聚丙烯酰胺尿素凝胶对1000bp 以下的RNA可以达到很高的分辨率，可以区分在长度上相差一个核苷酸的单链RNA片段。

聚丙烯酰胺是通过丙烯酰胺的聚合作用及与交联剂(通常是N,N-亚甲基双丙烯酰胺)的化学交联作用形成的。聚合作用由自由基的形成来引发，通常由过硫酸铵作为引发剂，N,N,N",N"-四甲烯二胺(TEMED)为催化剂。

在凝胶中加入变性剂尿素可以防止RNA二级结构形成，以确保RNA在凝胶中以线性形式迁移。聚丙烯酰胺凝胶灌注进两片玻璃板中间，玻璃板由聚四氟乙烯树脂或尼龙隔圈隔开。