爲了提高靈敏度應採用黑白照片(寶麗來667膠片)和SYBRGreenIIRNA凝膠染色劑照相濾光器。視頻相機和CCD相機等經常用於凝膠文檔整理系統的照相設備的靈敏度不同。

SYBR GreenII RNA凝膠染色劑與溴化乙錠染色相比有幾個優勢。SYBR GreenII本身存在低強度熒光，可以降低膠的背景熒光不必給凝膠脫色以清除染料。

此外，RNA/SYBR GreenII複合物的熒光在甲醛存在條件下不會猝滅，這就避免了在染色之前洗掉凝膠變性劑。

最後一點，SYBR Green II不會干擾Northern印跡分析中RNA向濾膜轉移或者隨後的雜交過程，只要在預雜交和雜交緩衝液中加入0.1% - 0.3%的SDS即可。

儘管推薦的SYBR染色是在電泳完後對凝膠染色，SYBR Green II也可以在灌膠過程中加入凝膠中，但是實驗技術人員警告這樣可能會影響RNA的遷移速率。

薄的(0.4~ 1.5mm)聚丙烯酰胺尿素凝膠對1000bp 以下的RNA可以達到很高的分辨率，可以區分在長度上相差一個核苷酸的單鏈RNA片段。

聚丙烯酰胺是通過丙烯酰胺的聚合作用及與交聯劑(通常是N,N-亞甲基雙丙烯酰胺)的化學交聯作用形成的。聚合作用由自由基的形成來引發，通常由過硫酸銨作爲引發劑，N,N,N",N"-四甲烯二胺(TEMED)爲催化劑。

在凝膠中加入變性劑尿素可以防止RNA二級結構形成，以確保RNA在凝膠中以線性形式遷移。聚丙烯酰胺凝膠灌注進兩片玻璃板中間，玻璃板由聚四氟乙烯樹脂或尼龍隔圈隔開。