例如，從修飾盒表達的功能元件包含多種報道基因，如EGFP (見信息欄“用EGFP作爲報道分子”)、β-半乳糖苷酶(LacZ).胎盤鹼性磷酸酶(PLAP) 或麥胚凝集素(WGA)標記；重組酶，如Cre重組酶(見信息欄“Cre-loxP")、FIp 重組酶、Cre-ERT2重組酶、Flp-ERT2 重組酶。

其他可能的特徵包括：毒素，如白喉毒素A (DTA);表位和親和標籤，如Flag、 Myc、 血凝素(HA)、 蛋白A、多組氨酸和鹼性磷酸酶；等位基因變異體(顯性抑制或激活突變)，如點突變、核苷酸插入或缺失；以及調控組件，如四環素反式激活因子(tTA) 和反向的四環素反式激活因子(rTA)。

BAC工程方案的策略爲了提供一套用於轉基因的高通量構建BAC載體的系統，人們開發了一種用於高通量研究的簡便、高效的方法。通常採用兩種策略用於BAC工程，稱之爲兩步和一步BAC工程。

兩步完成的方案包括將兩個同源臂(與BAC載體同源的序列)克隆到穿梭載體中，隨之在穿梭載體和BAC克隆間進行兩步重組。第一步使穿梭載體整合到BAC上，形成“共合體”(cointegrate); 第二步，無用的穿梭載體序列被移除，在適當的位置只留下包含突變或報道基因的組件。

攜帶共合體BAC的宿主菌株在瓊脂和蔗糖上生長的過程中，攜帶未重組BAC的細菌被消除(圖5-5)。因爲人們能在修飾盒的A或B同源臂區域設計突變，此方案能用於精細地改變目的基因，如點突變、插入、缺失、置換或過表達一個顯性抑制基因以產生動物模型(圖5-6)。