因爲年代久遠，在某些地方，查士丁尼時代存世的文獻材料相對較多，但是在其他地區，這樣的文獻是稀少、甚至是不存在的。普羅柯比或者埃瓦格里烏斯對君士坦丁堡和安條克這樣大城市疫病流行情況的描述可能不適用於巴勒斯坦和阿拉伯這樣的邊遠行省，這兩個地區既缺乏足夠規模的城市也沒有作品留存至今的記述者。而且，即使在某一個相同的地區，大瘟疫對人口密集區域（比如城市或軍營）的影響也可能不同於其在本地農村和流動人口中的影響。

雖然一般而言，文獻資料總是可以爲研究查士丁尼大瘟疫提供最有價值的信息來源，但是那些來自帝國其它部分、與考古學相關的證據也不容忽視，這些信息可以從另一個側面幫助研究者更詳細地瞭解大瘟疫帶來的影響——當假定查士丁尼大瘟疫可能不會以同樣的方式影響帝國全境時，這樣的信息是極具價值的。

藉助當代學者們的不懈努力，我們可以獲得更多關於查士丁尼大瘟疫可能造成的影響的間接證據。在金石學領域，通過研究公元四世紀至七世紀的碑文，研究人員發現了一個出人意料的情況：儘管總體來看，查士丁尼皇帝統治時期巴勒斯坦和阿拉伯行省保存下來各類碑文的相當多，不過在公元540年至550年這段時期內，碑文的數量卻出現了明顯的下降趨勢、這種表象並不具備決定性——要知道有太多的因素可以影響這一結果，但歸因於該地區爆發的瘟疫無疑是一個相對合理的假設。

耶路撒冷以色列博物館的南希·本諾維茨針對大瘟疫前後巴勒斯坦和阿拉伯兩個東羅馬帝國行省的可以搜尋到的墓誌銘進行了詳細研究，這些最新的考古材料和數據可以爲我們提供極具價值的信息。南希認爲，作爲一種對死者的紀念，墓誌銘的寫作習慣、選擇紀念方式以及具體內容都能在各種方面反映一個社會的喪葬習俗和文化，其重要性並不亞於埋葬方式和相關的葬禮儀式。

不過應當注意的是，墓誌銘本身也具備一些侷限性，考慮到查士丁尼統治時期銘文保存至今的數量相對其實際的總數，使得僅僅依靠墓誌銘無法得出任何可靠的死亡率估計值。大量存在的非正常死亡也會使得爲每一個人撰寫墓誌銘成爲一件不可能完成的事情，這種現象也被很多大瘟疫的親歷者記錄在他們的作品中：“後來到處都是一片混亂無序了……挖溝的那些人在再也趕不上死者的人數，於是他們便登上敘卡伊的工事塔樓，掀掉那裏的屋頂，然後把屍體亂七八糟地拋進去……實際上把所有塔樓都用屍體填滿，然後再把屋頂封上”。

同樣，以弗所的約翰亦記錄了查士丁尼皇帝命令在加拉塔挖掘集體墓穴約翰甚至聲稱君士坦丁堡的許多屍體都被拋進海里，而普羅柯比也記載了屍體被堆在小船上令其隨波逐流這一情況。君士坦丁堡的公共服務和社會救濟體系應當是帝國境內最爲完善的，首都尚且如此，耶路撒冷和巴勒斯坦地區的城市在處理屍體這一緊迫的問題上必定也會遇到相當大的困難。如此看來，由於各種應急的處理手段（如集體埋葬等），查士丁尼大瘟疫的死亡率無法從表面數據中體現出來是完全可能的。