营养缺乏病的病因有原发性和继发性两类，原发性病因指单纯摄入不足，可以是综合性的各种营养素摄入不足，也可以是个别营养素摄入不足，而以前者为多见。继发性病因指由于其它疾病过程而引起的营养素不足，除摄入不足外，还包括消化、吸收、利用、需要等因素的影响。临床上所见到的各种营养素缺乏绝大多数成为疾病过程的综合表现的一部分。

按营养素在体内的代谢途径，营养缺乏病的病因可以分为以下几个：

9.1.1　营养素的摄入不足

最常见的是食物摄入不足，其原因可以是原发的，也可以是继发的。原发性摄入不足中，因灾害或战争等社会因素引起的食物不足常是综合性缺乏，但在表现上则以热能蛋白质营养不良为主。

一般情况下，偏食可引起某种营养素缺乏，有时某人群的习惯性偏食甚至可导致某种营养缺乏病的流行。食物因加工烹调不合理而破坏营养素，虽其摄入量并不少，但亦可发生缺乏，如水溶性维生素的缺乏中，食用精白米面和丢弃米汤常是脚气病的主要原因，蔬菜先切后洗，烫漂捞挤将使大部分维生素C遭受破坏。

食物摄入不足的继发性原因是食欲不振、昏迷、精神失常或神经性厌食、口腔及颔面手术后、食道癌贲门癌等引起肠胃道阻塞的疾病。在这些疾病中常采用鼻饲或静脉营养补给措施，但如补给量不能满足患者需要时，仍会发生营养缺乏的症状。