1861年9月，程学起反抗程学起“攻洞中城”的计划，炸毁了北门，然后他带头从炮孔进入，安庆遭到曾国权“集资营”的袭击，包括城管叶云来在内的2亿多士兵丧生，西边的天井屏障被打破了，没有危险可以防御，然而，李秀成所在的团并没有投入安庆保卫战，其主力部队也没有受损，取而代之的是占领江浙沪地区，建立苏南根据地，占领清朝重要的财税地区，此时，苏南成为太平天国的核心区域，支撑着后来的战局，其作用不容忽视。

1861年9月，程学起反抗程学起“攻洞中城”的计划，炸毁了北门，然后他带头从炮孔进入，安庆遭到曾国权“集资营”的袭击，包括城管叶云来在内的2亿多士兵丧生，西边的天井屏障被打破了，没有危险可以防御，然而，李秀成所在的兵团并没有投入安庆保卫战，主力部队也没有受损，取而代之的是占领江浙沪地区，建立苏南根据地，占领清朝重要的财税地区，此时，苏南成为太平天国的核心区域，支撑着后来的战局，其作用不容忽视。

太平军占领苏南时，清朝心急如焚，当时两江总督曾国藩奉命率军东征，消灭李秀成，收复这片财税重镇，然而，曾国藩、曾国权两兄弟决心攻占金陵，夺取“杀贼第一功”，他们不愿向东进军，但他们的生活很难违抗，他们很无助，此时，一向善于观察的李鸿章趁机自荐，表示愿意征兵带兵到上海、江苏等地，收复失地，同时支援天井战场，为九位指挥员服务，曾国藩对此非常高兴，于是请李鸿章回安徽征兵建军，共有刘明川、潘定新、张树山、吴长青等6000多人，考虑到淮军实力薄弱，曾国藩调任程学起为李鸿章“开字营”，后来的事实表明，程学奇真的很坚强，足以与敌人作战，成为淮军第一位勇敢的将军，他在上海之外连续三次获得胜利，为李在顺安站稳脚跟奠定了基础。

1862年4月，李鸿章率领的淮军乘英国军舰抵达上海，立即与太平军作战，程学起带头，在“洋枪队”的配合下，屡次击败谭少光所在部门，为了攻占上海，李秀成率领苏州大本营主力增援，与淮河军和“洋炮队”作战，双方互胜互负，不过，太平军具有整体优势，如果能全力以赴，就有可能赢得上海，遗憾的是，湘军曾经是荃湾的“鸡子营”，攻占了城西线，主力直指天津城南的雨花台，吓坏了洪秀全，为了自己的安全，洪秀全强迫李秀成回天津营救，称如果李秀成不服从命令，“很难适应国家法律”，不可能，忠君李秀成只好放弃攻打上海，然后，他率领14万军队（被称为13国王）向西部进军，他下到丽水、溧阳，过了墨岭关，直接杀死城南的雨花台，与曾国权决战，可惜，他没能突破九帅的“龟壳战术”，失败了。

李秀成返回天津之际，李鸿章、程学起联手攻占上海郊区太平军据点，然后攻占嘉定，进军苏南腹地，1863年1月，他背叛钱贵仁，诱使钱贵仁到常熟保卫罗国忠，并将他献祭于常熟，听说苏南后院起火，李秀成从天津赶回，带领谭少光等兵攻打常熟，同时派兵占领浮山港，阻止淮军水援常熟；然后让女婿蔡元龙，进入太仓阻止内部改造（太仓护卫已经与敌人沟通，立即派2000多人出城到淮军，改名为周守昌），同时防止敌人陆路协助常熟，就这样，常熟成了一座孤城，李秀成、谭少光连续出击，摧毁城外据点，逼近街角，城市就在拐角处，就在这时，洪秀全看到“北上南下”的进展并不顺利，先遣部队在江北受阻，急忙叫李秀成回来，让他执行“北上南下”的计划，靠近湘军后方。

李秀成只好回天井，围攻常熟的部队突然减少，程学奇、潘定新用花炮摧毁浮山港后，急忙用陆路和水路加固，谭少光不得不撤退，常熟落入淮军手中，太仓是以常熟和浮山港为下一个目标，因为这里是通往苏州大本营的北干道，其战略地位十分重要，为了赢得太仓，李鸿章要求程学旗、刘明川、黄义生、潘定新等凶猛将领配合“洋炮队”攻城，他们可能会被蔡元龙、徽王打败，无法接近这座城市，随后，李鸿章又从弟弟李赫章所在的系调了4000多名精锐士兵，配合程学奇攻城，这必将赢得太仓的胜利，蔡元龙虽然还击了淮军，但他可以切断城外的粮路，当时情况不好，他决定玩“假投降”，并同意李鸿章的投降日期，李赫章派兵进城接待，也许他太高兴了，李赫章毫不怀疑这是一场“游戏”，于是他带领1500多人进城，面带微笑，看上去像个赢家。

4月26日，李赫章来到城郊，接受蔡元龙的“投降”，此时，蔡元龙下令太平军伏击李赫章，与淮军展开血腥战争，李赫章看到“中集”时，惊慌失措，指挥怀军反击，但太平军太过咄咄逼人，淮军战败，他的左脚在激烈的战斗中受伤了，这使他的行动非常困难，万一不出意外，李赫章一定被抓获了，当时，李鸿章左右为难，他攻打太仓时，弟弟的生命没有保障，他退兵时，朝廷会斥责他“因人而异忘官”，这是违背忠孝的，然而，事故还是发生了，叛徒程学起听说李赫章被包围了，就直接上马，他带着3000名精兵，左右奔向太平军的包围圈，他怕子弹，救了李赫章，在这方面，太平天国前将领程学奇精力充沛，是一位强大的将领，不幸的是，他是个叛徒，欺骗了他的队友，李赫章的不幸使李鸿章怀疑太平军投降的诚意，这也是他“苏州大屠杀”的重要原因。

蔡元龙对李赫章的伏击并没有达到预期的目的，但还是让怀军感到害怕，然而，太仓已经被包围，高登的“外国炮兵队”强大到无法抵抗传统城市，1863年5月2日，蔡元龙主动从太仓撤退，淮军立即进驻，因为弟弟李赫章有危险，李鸿章非常生气，淮军纵然烧掠，仍有万余人丧命。

在苏南的这场战役中，太平天国对程学旗进行了反叛，这是非常具有破坏性的，李鸿章的弟弟李赫章差点被杀，李秀成在东西方之间来回奔波，颇为无奈。