1861年9月，程學起反抗程學起“攻洞中城”的計劃，炸燬了北門，然後他帶頭從炮孔進入，安慶遭到曾國權“集資營”的襲擊，包括城管葉雲來在內的2億多士兵喪生，西邊的天井屏障被打破了，沒有危險可以防禦，然而，李秀成所在的團並沒有投入安慶保衛戰，其主力部隊也沒有受損，取而代之的是佔領江浙滬地區，建立蘇南根據地，佔領清朝重要的財稅地區，此時，蘇南成爲太平天國的核心區域，支撐着後來的戰局，其作用不容忽視。

1861年9月，程學起反抗程學起“攻洞中城”的計劃，炸燬了北門，然後他帶頭從炮孔進入，安慶遭到曾國權“集資營”的襲擊，包括城管葉雲來在內的2億多士兵喪生，西邊的天井屏障被打破了，沒有危險可以防禦，然而，李秀成所在的兵團並沒有投入安慶保衛戰，主力部隊也沒有受損，取而代之的是佔領江浙滬地區，建立蘇南根據地，佔領清朝重要的財稅地區，此時，蘇南成爲太平天國的核心區域，支撐着後來的戰局，其作用不容忽視。

太平軍佔領蘇南時，清朝心急如焚，當時兩江總督曾國藩奉命率軍東征，消滅李秀成，收復這片財稅重鎮，然而，曾國藩、曾國權兩兄弟決心攻佔金陵，奪取“殺賊第一功”，他們不願向東進軍，但他們的生活很難違抗，他們很無助，此時，一向善於觀察的李鴻章趁機自薦，表示願意徵兵帶兵到上海、江蘇等地，收復失地，同時支援天井戰場，爲九位指揮員服務，曾國藩對此非常高興，於是請李鴻章回安徽徵兵建軍，共有劉明川、潘定新、張樹山、吳長青等6000多人，考慮到淮軍實力薄弱，曾國藩調任程學起爲李鴻章“開字營”，後來的事實表明，程學奇真的很堅強，足以與敵人作戰，成爲淮軍第一位勇敢的將軍，他在上海之外連續三次獲得勝利，爲李在順安站穩腳跟奠定了基礎。

1862年4月，李鴻章率領的淮軍乘英國軍艦抵達上海，立即與太平軍作戰，程學起帶頭，在“洋槍隊”的配合下，屢次擊敗譚少光所在部門，爲了攻佔上海，李秀成率領蘇州大本營主力增援，與淮河軍和“洋炮隊”作戰，雙方互勝互負，不過，太平軍具有整體優勢，如果能全力以赴，就有可能贏得上海，遺憾的是，湘軍曾經是荃灣的“雞子營”，攻佔了城西線，主力直指天津城南的雨花臺，嚇壞了洪秀全，爲了自己的安全，洪秀全強迫李秀成迴天津營救，稱如果李秀成不服從命令，“很難適應國家法律”，不可能，忠君李秀成只好放棄攻打上海，然後，他率領14萬軍隊（被稱爲13國王）向西部進軍，他下到麗水、溧陽，過了墨嶺關，直接殺死城南的雨花臺，與曾國權決戰，可惜，他沒能突破九帥的“龜殼戰術”，失敗了。

李秀成返回天津之際，李鴻章、程學起聯手攻佔上海郊區太平軍據點，然後攻佔嘉定，進軍蘇南腹地，1863年1月，他背叛錢貴仁，誘使錢貴仁到常熟保衛羅國忠，並將他獻祭於常熟，聽說蘇南後院起火，李秀成從天津趕回，帶領譚少光等兵攻打常熟，同時派兵佔領浮山港，阻止淮軍水援常熟；然後讓女婿蔡元龍，進入太倉阻止內部改造（太倉護衛已經與敵人溝通，立即派2000多人出城到淮軍，改名爲周守昌），同時防止敵人陸路協助常熟，就這樣，常熟成了一座孤城，李秀成、譚少光連續出擊，摧毀城外據點，逼近街角，城市就在拐角處，就在這時，洪秀全看到“北上南下”的進展並不順利，先遣部隊在江北受阻，急忙叫李秀成回來，讓他執行“北上南下”的計劃，靠近湘軍後方。

李秀成只好迴天井，圍攻常熟的部隊突然減少，程學奇、潘定新用花炮摧毀浮山港後，急忙用陸路和水路加固，譚少光不得不撤退，常熟落入淮軍手中，太倉是以常熟和浮山港爲下一個目標，因爲這裏是通往蘇州大本營的北幹道，其戰略地位十分重要，爲了贏得太倉，李鴻章要求程學旗、劉明川、黃義生、潘定新等兇猛將領配合“洋炮隊”攻城，他們可能會被蔡元龍、徽王打敗，無法接近這座城市，隨後，李鴻章又從弟弟李赫章所在的系調了4000多名精銳士兵，配合程學奇攻城，這必將贏得太倉的勝利，蔡元龍雖然還擊了淮軍，但他可以切斷城外的糧路，當時情況不好，他決定玩“假投降”，並同意李鴻章的投降日期，李赫章派兵進城接待，也許他太高興了，李赫章毫不懷疑這是一場“遊戲”，於是他帶領1500多人進城，面帶微笑，看上去像個贏家。

4月26日，李赫章來到城郊，接受蔡元龍的“投降”，此時，蔡元龍下令太平軍伏擊李赫章，與淮軍展開血腥戰爭，李赫章看到“中集”時，驚慌失措，指揮懷軍反擊，但太平軍太過咄咄逼人，淮軍戰敗，他的左腳在激烈的戰鬥中受傷了，這使他的行動非常困難，萬一不出意外，李赫章一定被抓獲了，當時，李鴻章左右爲難，他攻打太倉時，弟弟的生命沒有保障，他退兵時，朝廷會斥責他“因人而異忘官”，這是違背忠孝的，然而，事故還是發生了，叛徒程學起聽說李赫章被包圍了，就直接上馬，他帶着3000名精兵，左右奔向太平軍的包圍圈，他怕子彈，救了李赫章，在這方面，太平天國前將領程學奇精力充沛，是一位強大的將領，不幸的是，他是個叛徒，欺騙了他的隊友，李赫章的不幸使李鴻章懷疑太平軍投降的誠意，這也是他“蘇州大屠殺”的重要原因。

蔡元龍對李赫章的伏擊並沒有達到預期的目的，但還是讓懷軍感到害怕，然而，太倉已經被包圍，高登的“外國炮兵隊”強大到無法抵抗傳統城市，1863年5月2日，蔡元龍主動從太倉撤退，淮軍立即進駐，因爲弟弟李赫章有危險，李鴻章非常生氣，淮軍縱然燒掠，仍有萬餘人喪命。

在蘇南的這場戰役中，太平天國對程學旗進行了反叛，這是非常具有破壞性的，李鴻章的弟弟李赫章差點被殺，李秀成在東西方之間來回奔波，頗爲無奈。