崇禎自殺、明朝滅亡後，由於明朝實行雙京制，南京還有一套機構完整的政府班子，運轉正常，其主導者是南京兵部尚書史可法。因爲崇禎的兒子們都已落入敵手，南京方面當時急需擁戴一位宗室藩王來當皇帝，以承繼明朝大統。

從血緣上來論，最合適的是福王朱由崧，但是南方的東林黨復社成員因爲以前“爭國本”的宿怨，都不願擁立福王。他們強烈主張擁立潞王朱常淓。史可法傾向於東林黨人，搖擺不定。結果福王朱由崧利用江北四鎮總兵及風陽總督馬士英的勢力，在軍隊的支持下，進入南京，建立了弘光朝廷。

南明內部這幫文武官員們，也不是省油的燈。他們想着的不是如何恢復明朝江山，而是如何確保自己在南明的政治地位。

比如說弘光政權的時候，史可法作爲兵部尚書，是南京官職最高的人。本應該由他來組織選拔新任皇帝，可是馬士英和四鎮軍閥爲了爭奪擁立之功，不等史可法等人同意，就擅自帶着大軍前來強行將朱由崧立爲了弘光皇帝。

隆武政權內部也不安分，當時鄭芝龍手握大權，架空了隆武帝朱聿鍵。朱聿鍵爲了奪取皇權，索性就在大學士黃道周的幫助下，前往江西北伐。結果隆武帝慘敗被殺，黃道周也因此殉國，而鄭芝龍卻選擇投降了滿清。