藉助現代科學鑑定技術，對光緒皇帝死於砷中毒的結論沒有異議，然而，關於光緒皇帝的死因，學術界尚無令人信服的說法，主流認爲，慈禧太后下令對光緒下毒，是因爲她怕光緒死後掌權，對那拉家族不利。

藉助現代科學鑑定技術，對光緒皇帝死於砷中毒的結論沒有異議，然而，關於光緒皇帝的死因，學術界尚無令人信服的說法，主流認爲，慈禧太后下令對光緒下毒，是因爲她怕光緒死後掌權，對那拉家族不利。

此外，也有人懷疑是親王清一凱、袁世凱或李連英，甚至有人懷疑是龍玉皇后，但更多的人認爲，沒有慈禧太后的指示或默許，誰也不敢毒害光緒皇帝，殺了皇帝，毀了九個部落，這是一種極大的背叛，即使有人有這樣的陰謀，也不敢輕易作案。

光緒皇帝之所以有這樣的政見，是因爲他們認爲歷史上有很多政見紛爭的人，甲午戰爭後，慈禧與光緒皇帝因抗日戰爭與和平問題而產生政治分歧，他們之所以出現和平，不僅僅是因爲冷戰的結束。

戊戌變法前，光緒皇帝公開與慈禧攤牌，說“如果太后還不給我權力，我願意退位，不做亡國之王，”慈禧還憤怒地說：“他不想坐這個位子，我不想讓他坐，”，兩人的關係變得更加緊張，慈禧想成立溥儀大哥，準備廢除光緒皇帝。

如果慈禧對光緒皇帝陰謀的結論是成立的，那麼慈禧爲什麼要這樣做呢？如果她害怕光緒皇帝死後推翻舊的分數，或者擔心光緒皇帝重新掌權，後悔利用康有爲、梁啓超等改革者改變宗法，還是出於某種權力考慮？

如果是出於政治分歧，慈禧太后防範光緒皇帝的手段和方法更爲穩妥；如果是出於權力考慮，慈禧已死，不存在權力鬥爭和矛盾。

從理論上講，慈禧不僅有母子之愛，而且有爲王之德，在當時“以孝治天下”的政治倫理約束下，慈禧迴歸天堂後，光緒皇帝似乎不可能對慈禧做出任何不敬的事情，慈禧似乎也不必對慈禧採取如此極端的防範措施，吸引了世界各地的人。

另外，如果慈禧真的出於防禦性心理，那麼她就不應該讓光緒的侄子溥儀當皇帝，更不應該讓光緒皇帝的哥哥再鳳當攝政王，而是讓侄女隆裕皇后聽政爲己，不可能把清朝的至高權力還給愛新覺羅家族。

基於以上理由，慈禧有一萬個理由不殺光緒皇帝，原因只有一個，那就是活人怕光緒皇帝再起來，這對他們不好，所以就毒害光緒皇帝。

顯然，最受懷疑的是袁世凱和李連英，袁世凱在1898年政變中背叛了光緒皇帝，光緒皇帝對他恨之入骨，如前所述，如果光緒皇帝先於慈禧去世，並且囿於封建政治倫理，那麼光緒皇帝對死去的慈禧是無能爲力的，然而，作爲一個奸詐奸詐的大臣，袁世凱，即李連英，可能會因爲任何原因被斬首，甚至全家都會被斬首。

袁世凱和李連英對此瞭如指掌，慈禧眼看就要死了，就要失去保護了，她對生活和財富的擔憂迫使她借慈禧太后身患重病、宮內混亂之機毒害光緒皇帝。

溥儀後來從宮中的老太監李長安那裏聽說，袁世凱在戊戌維新運動中背叛了光緒皇帝的信任，在關鍵時刻背叛了光緒皇帝，因此，袁世凱擔心慈禧一死，光緒皇帝決不會輕易放過他，於是藉機暗中毒害慈禧。

慈禧的侍女德令妃在《德靈記慈禧》一書中說，李連英想謀殺光緒皇帝，是因爲光緒皇帝在日記中明確寫道：“我病了，但我覺得我會比佛祖活得更長，她一死，我就立即下令斬首頭號叛徒袁世凱，太后一死，我就下令以同樣的方式處決李連英，”李連英得知這個消息後，先攻擊了她。

然而，所謂袁世凱或李連英毒害光緒皇帝的說法是有道理的，但這只是一種推理和懷疑，或者只是人們的一種說法，現有的歷史數據沒有直接的證據，至於光緒皇帝的死因，還需要進一步研究和確認。