殲-16作爲殲-11BS戰鬥機的多用途升級型號，除了升級航電系統外，還着重加強了載彈量與內部燃料儲量，早期的殲-16戰鬥機擁有12個武器掛載點（機翼下方6個、翼尖2個、進氣道下方2個、進氣道中間2個），與蘇-30、蘇-35的武器掛載點數量相當。而最近空軍公開了一張殲-16進行地面維護的照片，畫面顯示殲-16的左側機翼擁有5個武器掛載點（機翼下4個、翼尖1個），說明這是一架改進型的殲-16戰鬥機，進一步增加了載彈量。

改進型殲-16在機翼增加了一對武器掛載點，等於將武器掛載點總數增加到14個，與陣風戰鬥機相當，不過陣風戰鬥機的內部燃料儲量有限，經常需求掛載副油箱，14個武器掛載點不能充分利用，而殲-16的內油儲量在11噸以上，所有的武器掛載點都可以掛載導彈，在不使用複合掛架的情況下，殲-16可以掛載14枚空對空導彈，或者4-6枚鷹擊-91反艦導彈、8枚空對空導彈。

在全世界所有的戰術飛機當中，只有F-15EX的掛載能力超過殲-16，根據波音公司公開的數據，F-15EX最多可以同時掛載20枚空對空導彈，最多載彈量達到13噸，殲-16擁有14枚空對空導彈的火力，相當於2架殲-10C，火力排名世界第二。並且殲-16可以掛載霹靂-15遠程空對空導彈，相較於F-15EX使用的AIM-120空對空導彈，擁有射程上的優勢。

殲-16之所以能夠增加載彈量， 除了優秀的氣動佈局、堅固的機體結構外，國產發動機同樣功不可沒。殲-16沒有采用蘇-27的AL-31渦扇發動機，而是使用了渦扇-10發動機，改進型的渦扇-10發動機擁有140千牛的推力，比AL-31增加了15千牛的推力，並且渦扇-10發動機還使用全權限數字化控制技術，能夠更好的管理推力與油耗。正是因爲渦扇-10發動機的給力表現，殲-16纔敢增加武器掛載點數量，並不擔心影響飛行性能。

從美國空軍訂購F-15EX重型戰鬥機可以看出，殲-16這種重型多用途戰鬥機依然擁有不可替代的作用，殲-20雖然擁有更快的飛行速度、更強的隱身性能，但是爲了保證隱身性能，只能攜帶6-8枚空對空導彈，並且無法攜帶大型空對地導彈，而殲-16可以在不依賴護航的情況下，自行攜帶空對地導彈執行空襲任務。並且在執行日常巡邏、驅逐任務時，殲-16可以掛載較多的導彈，擁有更強的“威懾力”。