尽管ERP能够微企业带来巨大的价值，但随着时代的发展传统ERP可能会给企业带来一定挑战，其中许多是可以通过准备和选择正确的ERP合作伙伴来避免的。
系统成本。由于购买、实施和维护的成本很高，早期的ERP系统只有大公司才能使用。然而，二十多年来，情况并非如此，虽然ERP仍然需要时间和资金的投资，但由于SaaS系统收取经常性费用，以及更多为中小型企业设计的解决方案进入市场，该技术已经变得更加实惠。一些云ERP系统可以通过云端部署的形式最大限度降低成本。
培训成本。传统ERP有一个学习曲线，而且普遍培训成本较高。任何将使用该软件的人，最好是大多数或所有的员工，都需要一定程度的培训。虽然一开始可能会有抵触情绪，但随着人们意识到这项技术对他们的帮助有多大，这种抵触情绪也会逐渐消失。频繁更新的新系统更加直观，对用户更加友好，减少了培训要求，提高了采用率。
数据转换成本。当转移到一个新的ERP，你可能需要将一些数据转换成与新平台兼容的格式。这可能会导致意想不到的成本和延误，所以要审查你的数据库，并与你的IT团队或集成合作伙伴合作，尽早确定潜在的数据兼容性问题。然后，你可以将转换工作纳入ERP实施计划。
复杂度。一个ERP系统有很多功能，这可能让你的员工感到畏惧。但是，今天的软件比传统的系统更容易使用，因为供应商专注于改善用户体验。此外，员工只需要访问其工作所需的模块和仪表盘，这可以使其更容易接近。彻底的培训可以消除对复杂性的担忧。
维护。在过去，维护是一个巨大的开支，阻碍了收入较低的企业采用ERP。公司不仅需要一个IT人员来处理补丁，安全和所需的系统升级，它往往不得不支付供应商或第三方服务提供商的专业知识。对于SaaS系统来说，这个问题就不那么重要了，因为供应商会负责所有的维护工作，并定期将所有客户转移到最新的版本，而且这一切都包含在订购价格中。关注维护的公司应该彻底审查潜在的供应商，以确保它提供一个真正的供应商管理的SaaS系统。
不能解决流程和政策问题。如果你有容易出错或低效的流程，ERP不一定能解决这些问题，尽管它可能会提高准确性。然而，它可以发现你的操作中的问题，并帮助你集思广益，以更好的方式开展业务。同样，对于那些阻碍组织发展的政策，也需要你去调整，然后配置系统以支持更好的业务方式。
