南宋末年，黄河南泛，侵占了淮河下游入海之路。及至元朝，定都北京，为了保障京畿供应，开凿疏通了沟通南北的大运河。大运河贯穿黄淮两河，是重要的交通运输线。在这三河中，黄河因具有“善淤、善决、善徙”的特性，每当泛滥决溢，不仅严重影响大运河的运输，也给百姓生命财产造成严重灾难，这在明清易代之际体现得非常明显。故明清两朝都极为重视治黄。

顺治元年（1644），沿袭明制，设置了总河，“驻扎济宁州，综理黄运两河事务”（《大清会典则例》），只是由于战事依然严峻，并未采取多少行之有效的治河举措。康熙帝亲政之后，转换思路，多方考量，亲笔将“三藩、河务、漕运”六个大字书写在宫中柱上，以夙夜轸念。此举意味着河务已被提升至国家战略高度，成为关系清政权稳定与发展的首要问题之一。不仅如此，康熙帝还于实践中推出了一系列改革措施。首先调整河督乃至普通河官的选拨标准，由原来看重操守改为注重治水技能与实践经验，并亲自考选，简拔安徽巡抚靳辅为河道总督。其次矫治河工宿弊，裁撤南北河道各分司，改归道管理。再次划分河段，设置道、汛等专门负责河务的基层管河机构。复次添设河兵驻扎河堤，改河夫佥派为雇募，以加强日常修守。最后调整细化岁抢修经费管理、考成保固、物料贮购、苇柳种植等相关规定，制定中游报水制度。这些举措构成了黄河管理制度的雏形，利于加强治河实践，消弭水患。在推出上述举措之余，康熙帝还于南巡途中多次亲临河干，指授方略，两次派人勘察河源，一步步将黄河治理问题引向深入，奠定了清前中期治河方略的基调。康熙朝之后，雍正、乾隆、嘉庆、道光诸帝无不恪守“家法”，殚精竭虑，重视治河，一套系统完善的管理制度也逐步确立起来。

清代的黄河管理制度主要包括组织体系、工程经费、考成保固、料物储购、苇柳种植等几个方面，这里重点介绍前三项。

第一，设置河、道、厅、汛、堡五级金字塔式管理机构。其中，河作为最高机构，由专官河督负责。起初，河督驻地设在济宁，康熙十六年（1677）以后迁到江苏北部的清江浦。雍正七年（1729）两河分隶后，江苏段黄河称南河，河督驻地在清江浦；山东河南段称东河，河督驻地设在济宁，后迁至开封。一般情况下，河督居二品，若加兵部尚书、太子太保等衔，则为从一品，高于一省的巡抚，主要负责黄运两河的日常修守，通常以黄河为主。河督拥有直属军队，称为“河标”或“河营”。

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