南宋末年，黃河南泛，侵佔了淮河下游入海之路。及至元朝，定都北京，爲了保障京畿供應，開鑿疏通了溝通南北的大運河。大運河貫穿黃淮兩河，是重要的交通運輸線。在這三河中，黃河因具有“善淤、善決、善徙”的特性，每當氾濫決溢，不僅嚴重影響大運河的運輸，也給百姓生命財產造成嚴重災難，這在明清易代之際體現得非常明顯。故明清兩朝都極爲重視治黃。

順治元年（1644），沿襲明制，設置了總河，“駐紮濟寧州，綜理黃運兩河事務”（《大清會典則例》），只是由於戰事依然嚴峻，並未採取多少行之有效的治河舉措。康熙帝親政之後，轉換思路，多方考量，親筆將“三藩、河務、漕運”六個大字書寫在宮中柱上，以夙夜軫念。此舉意味着河務已被提升至國家戰略高度，成爲關係清政權穩定與發展的首要問題之一。不僅如此，康熙帝還於實踐中推出了一系列改革措施。首先調整河督乃至普通河官的選撥標準，由原來看重操守改爲注重治水技能與實踐經驗，並親自考選，簡拔安徽巡撫靳輔爲河道總督。其次矯治河工宿弊，裁撤南北河道各分司，改歸道管理。再次劃分河段，設置道、汛等專門負責河務的基層管河機構。複次添設河兵駐紮河堤，改河夫僉派爲僱募，以加強日常修守。最後調整細化歲搶修經費管理、考成保固、物料貯購、葦柳種植等相關規定，制定中游報水制度。這些舉措構成了黃河管理制度的雛形，利於加強治河實踐，消弭水患。在推出上述舉措之餘，康熙帝還於南巡途中多次親臨河干，指授方略，兩次派人勘察河源，一步步將黃河治理問題引向深入，奠定了清前中期治河方略的基調。康熙朝之後，雍正、乾隆、嘉慶、道光諸帝無不恪守“家法”，殫精竭慮，重視治河，一套系統完善的管理制度也逐步確立起來。

清代的黃河管理制度主要包括組織體系、工程經費、考成保固、料物儲購、葦柳種植等幾個方面，這裏重點介紹前三項。

第一，設置河、道、廳、汛、堡五級金字塔式管理機構。其中，河作爲最高機構，由專官河督負責。起初，河督駐地設在濟寧，康熙十六年（1677）以後遷到江蘇北部的清江浦。雍正七年（1729）兩河分隸後，江蘇段黃河稱南河，河督駐地在清江浦；山東河南段稱東河，河督駐地設在濟寧，後遷至開封。一般情況下，河督居二品，若加兵部尚書、太子太保等銜，則爲從一品，高於一省的巡撫，主要負責黃運兩河的日常修守，通常以黃河爲主。河督擁有直屬軍隊，稱爲“河標”或“河營”。

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