上海地区的水产贸易，早期的记载见于唐代。据《吴郡志》记载：唐代以斗数鱼，买卖者多论斗。皮日休《钓侣》诗云：“趁眠无事避风涛，一斗霜鳞换浊醪”。同治年间（约1864年），在今十六铺地区，出现了两三家鱼行。到1935年，十六铺已是行栈林立，有冰鲜鱼行23家，河鲜鱼行7家。

1935年元旦上海鱼市场奠基，选址定海岛（今复兴岛），至11月15日竣工。主要建筑有鱼市场办公大楼、拍卖场、冷冻设施、经纪人办事处等。

1937年八一三抗战爆发，鱼市场被侵华日军占领，部分建筑毁于炮火。9月15日鱼市场宣布结束营业。

1938年，日伪政府勾结日军，觅定杨树浦齐物浦路（今江浦路）黄浦江畔的广场，重建上海鱼市场。同年8月15日正式开幕，16日起开始营业。十六铺鱼行不得已以分支机构进行鱼市场交易，一些爱国的鱼行老板，宁愿关闭歇业，不为利用。

抗日战争胜利后，因定海岛（今复兴岛）鱼市场原址遭破坏严重，1945年11月2日仅恢复了杨树浦齐物浦路（今江浦路）10号的鱼市场。1946年9月，将定海岛场址出借于渔业善后物资管理处使用，并在岛内设后勤设施，初步形成复兴岛海洋渔业基地。

1949年5月27日上海解放，上海鱼市场职工修复部分设施和场所，并随即恢复业务。1953年改名为上海水产市场，1956年改为中国水产供销公司上海市公司第一批发部，1990年又改为上海市水产供销公司第一分公司。不管名称如何改变，鱼市场始终承担着全市人民的水产供应任务。

2005年之后，鱼市场所在地块被列入沿江改造区域。目前，杨浦浦江两岸开发的地标性建筑——“东方渔人码头”已经在江浦路上海水产市场原址拔地而起。

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