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棉花秸稈種植雙孢蘑菇，未見到有這樣的報道。因爲雙孢蘑菇是草腐菌，是以腐生稻草、麥秸等禾本科植物的纖維素爲主要營養的，棉花秸杆含木質素較多，且經粉碎後透性較差，不利蘑菇生長，所以很少直接利用種雙孢蘑菇。

蘑菇料的二次發酵是在一次發酵基礎上進行的，處理得好可使產量可以提高1-3倍，但應注意，二次發酵技術含量較高，處理不好反而影響產量：

1.要保證一次發酵質量。

2.一次發酵後，料儘快搬入房中，集中堆放。

3.一次發酵後，二次發酵前，用石灰水及時調節，水量65-70%，PH7.5-8。

4.溫度調節在55-60℃，保持4小時，48-53℃4天。

5.發酵結束時，降溫通風（靈活掌握二次發酵時間，料偏熟時，二次發酵時間可短些）。