臭豆腐按照工藝可以分爲發酵和非發酵兩種。市場上賣的青方腐乳便屬於發酵臭豆腐，是在豆腐的基礎上發酵而來，而街頭上賣的油炸臭豆腐則屬於非發酵臭豆腐。前者的臭味來源於微生物（常採用黴菌或乳酸菌）發酵蛋白質，產生的硫化物（例如二甲基二硫、二甲基三硫、二甲基四硫）、吲哚和部分具有臭味的氨基酸（例如丙氨酸）。非發酵臭豆腐的臭味來源於臭滷水。

發酵臭豆腐，因經發酵過程，部分蛋白質被分解成更有利於消化吸收肽、氨基酸；另外發酵過程還會生成維生素B12。維生素B12多存在於動物性食品，在植物性食品中含量甚微，因此素食者常常缺乏，但是發酵豆製品，包括臭豆腐中維生素B12含量較豐富，是素食者補充維生素B12的食物來源之一。

街頭上的非發酵臭豆腐自然沒有維生素B12的優勢，而且經過油炸，能量比普通豆腐高很多，偶爾品之無妨，在三餐基礎上每天都喫，則易造成能量過剩；而且高溫油炸會損失部分營養素。

臭豆腐特別是發酵臭豆腐，如腐乳含鹽量較高，不宜多喫。中國居民膳食指南建議每人每天喫鹽不要超過6g，而最近營養調查發現，我們每天鹽的攝入量平均爲12g。因此對於高鹽的腐乳，一定要限量。

發酵不僅會使蛋白質更有利於消化吸收，同時還會產生部分對人體有害的腐敗產物，例如發性鹽基氮，有研究顯示，青方腐乳中的發性鹽基氮平均含量比正常食品高出幾百倍。

街頭油炸臭豆腐所採用的油質量也難以保證，如是地溝油，又是反覆油炸，其中反式脂肪酸、3, 4—苯並芘等致癌物會增加人體患心腦血管疾病和癌症的風險。