要說大禹就不得不說一說中國考古界的事。作爲考古界一般把中國的考古分爲兩類，一類是1914年瑞典地質學家安特生引入中國的“田野考古”。田野考古的引入和發展直接將中國的考古學與國際接軌。其最突出的成果是1928年傅斯年領導的河南安陽殷商遺址考古，以及相應的甲骨文解讀（參見前文《甲骨文》）。對中國考古界的貢獻可以說是居功至偉。另一類則是以胡適、顧頡剛爲代表的“古籍考古”。其中，胡適主要是做了無關痛癢的《紅樓夢》等研究，危害倒不大。而另一位代表人物顧頡剛則是所謂“古史辨學派”的創始人。他和胡適強烈地堅信夏及以前的中國歷史都是僞造的。這對中國考古界的負面影響至今難以消除。

顧頡剛認爲禹是不存在的。在其《與錢玄同先生論古史書》，《古史辨》第一冊P62中，他明確地說：“禹或是九鼎上鑄的一種動物，當時鑄鼎象物，奇怪的形狀一定很多，禹是鼎上動物的最有力者；或者有敷土的樣子，所以就算他是開天闢地的人。（伯祥雲，禹或即是龍，大禹治水的傳說與水神祀龍王事恐相類。）流傳到後來，就成了真的人王了。”這段話，他的主要依據是“禹，《說文》雲，蟲也”。據說這種觀點是顧頡剛的老師崔適最早提出來的。顧頡剛將其發揚光大，進而推斷大禹“大約是蜥蜴之類”。

這段話裏面只有“禹，《說文》雲，蟲也”屬於事實，但是不能算作證據，或者最多屬於弱相關的“證據”。因爲人的名字和相應的漢字的意義不能用來證明這個人究竟是什麼。例如“頡”字的意思是鳥向上向下飛。難道我們能由此推斷“顧頡剛”是隻上下翻飛四處觀望的鳥？顯然不能。至於其他的話，基本上都是想象或臆斷，連孤證都算不上。因爲九鼎什麼樣子，沒有人見過。

1922年，爲商務印書館編寫《中學本國史教科書》時，顧頡剛明確說：“上古史方面怎樣辦呢？三皇五帝的系統，當然是推翻的了。考古學上的中國上古史，現在剛纔動頭，遠不能得到一個簡單的結論。思索了好久，以爲只有把《詩》《書》和《論語》中的上古史傳說整理出來，草成一篇《最早的上古史的傳說》爲宜。我便把這三部書中的古史觀念比較看着，忽然發見了一個大疑竇——堯舜禹的地位問題！……《詩經》和《尚書》（除首數篇）中全沒有說到堯舜，似乎不曾知道有他們似的；《論語》中有他們了，但還沒有清楚的事實；到《堯典》中，他們的德行政事才燦然大備了。因爲得到了這一個指示，所以在我的意想中覺得禹是西周時就有的，堯舜是到春秋末年纔起來的。越是起得後，越是排在前面。等到有了伏羲神農之後，堯舜又成了晚輩，更不必說禹了。我就建立了一個假設：古史是層累地造成的，發生的次序和排列的系統恰是一個反背。”（參見顧頡剛《古史辨》第一冊《自序》P51—52，上海古籍出版社，1982年版）。顯然，顧頡剛是因爲看書時偶爾的一個疑竇將堯舜禹一起都給否定了。

顧頡剛上述推理，看起來合乎邏輯。但是，依據是錯誤的。他認爲《尚書》中沒有堯舜禹，到了《堯典》纔出現。但是《堯典》是《尚書》的一個章節。值得指出的是考古需要將碎片化的信息整理成環環相扣的證據鏈。僅靠簡單邏輯推理顯然是不夠的，有時候甚至導致致命的錯誤。一個最簡單的考古原則是，看見的東西可以說有，沒有看見的東西並不一定能認定沒有。需要多方分析，畢竟有很多東西在慢慢長河中消亡了。特別是對於“文獻考古”，由於文獻可以是歷史記載，也可以是後人編篡的，被刪除或者添加的可能性都有。所以考古界還有一條“孤證不立”的原則。實際上，這種“孤證不立”的原則遠遠達不到科學的要求。真正要得出可靠的結論，需要的是系統的證據鏈。

顧頡剛推翻堯舜禹的推理，只依據了自己突發奇想的“一個大疑竇”，連“孤證”都算不上。顯然缺少證據鏈。

顧頡剛忽略了一個關鍵問題：他分析的這些古籍都是經過後人編篡的。例如，《詩經》和《尚書》都是孔老夫子大幅縮減的。其中《詩經》原來有超過一千首，經過孔子編篡就剩下305首，而且周朝以前的詩歌只有5首商頌。《尚書》則有多個版本並行。在這種背景下，顯然顧頡剛突發奇想的推理的依據就更不可靠了。再說，寫詩也不見得就整天把老祖宗拉出來頌揚。而《尚書》中有堯舜禹的專門篇章。與顧頡剛說的也不一致。

儘管如此，顧頡剛如此草率的結論還是得到胡適等很多名人的支持。

一個重要的原因是，古籍中看起來荒誕不經的記述很多，尤其是與大禹有關的記述。而大禹一旦被“論證”、“解讀”爲一條蟲或者蜥蜴，三皇五帝的故事自然就被推翻了。