湯氏所乘船名，爲 Jesus，除湯氏外，選派赴中國之教徒，尚有二十一人，搭客及船員共六百十四人，活的雞鴨等家禽，約一萬隻，於一六一八年四月十六日由里斯本出發。

湯氏等被安放於食物及行李間內，有如沙丁魚一般，然在旅行途中訓練不輟，由金尼閣訓導，每日在海闊天空之船板上，溫習舊業，禮拜二、五數學，禮拜三及禮拜六中文，此外另有天文小組，湯若望即在其中攻讀，緣其院長曾引利瑪竇之言："教徒中有天文學之技能，可以修正中國曆書者，則聲譽增加，入境容易，且得有安全及自由之保障。"

湯若望等最終決定繼續前進，到一六一九年七月十五日，抵達葡屬澳門，湯氏復從範禮安神父進修中文，範氏系在整肅中被逐出，而抵澳門者，在一六二二年（明天啓二年）七月，湯氏仍蟄居澳門，值荷蘭人來攻，葡人架炮於湯氏住屋上，擊中荷人，荷人敗走，澳門之圍遂解。

同年季夏時，湯氏約同另外教徒三人，暗中進入中國境內，開始北上。後留其伴侶於杭州，湯獨自隨龍華民神父赴北京，龍亦系被迫害之教士，在杭匿居者，二人於一六二三年一月廿五日入北京，居住於靠近西南城門之一小屋內，亦即昔日利瑪竇所下榻之處。

記得湯氏曾有以下描寫："餘是時系一青年，與高齡龍神父至北京後，猶憶龍神父會同另一神父，上書明熹宗'請求准予留住北京，爲朝廷製造黃銅大炮'。"

其時驅逐神父之法令，尚未解除，上奏結果，亦杳無消息，但兩神父，以所奏請未得聖旨爲辭，仍繼續留住北京，適此時政治幕後情形，將有重大改變，間接有利於傳教士，緣發動一六一六年迫害傳教士之首腦人物沈榷已經失寵，同時明朝軍隊受長城以北滿洲軍隊攻擊，遭受重大損失。

第一種因素，沈榷下臺後，就換上曾經信教之徐光啓及李之藻，又因第二種因素，徐李二人便有機會引進西洋人技術，以促起明朝皇帝瞭解武器之重要，他們催着將澳門的炮，趕緊運來，以抵抗滿洲，並提議來華教徒，均充作顧問，炮果然運到了，但不幸有兩尊炮炸裂，炸死旁觀中國人數名，沈榷藉此事件，再度攻擊基督教，但教徒未被趕出北京並仍舊在各省傳教。