对于清修《明史》，《剑桥中国史》指出了两个问题。正史编纂者可以得到的许多资料如今已不复存在（主要是乾隆毁掉） 。凡是涉及晚明时期明帝国与满洲和蒙古的关系的题目，其论述必然是偏颇的。

正因如此，《明史》虽然修了百余年，却依然存在诸多问题。不过，随着各种资料和地下文物的挺身而出，明史记载的内容已有多次被推翻。上世纪70年代，西安挖出一块石碑，上面文字重塑历史，再一次推翻了明史记载。

1643年，李自成攻克西安，秦王朱存枢投降，被李自成授予“权将军”，从军至北京。在北京城下，朱存枢还曾为李自成起义军劝降守军。《明史·列传·卷四》： 无子，弟谊漶由紫阳王嗣。薨，子存枢嗣。李自成破西安，存枢降于贼，伪授权将军，妃刘氏死之。

这段记载非常明确指出，明朝秦肃王朱谊漶死后，庶长子朱存枢袭爵，后来投降李自成。后来，跟随李自成讨伐吴三桂，一片石之战失败后，李自成军将他杀死。

300多年以来，人们对这一段历史深信不疑，然而考古发现却彻底推翻《明史》这一记载。

1978年，在陕西西安市南郊地区，考古专家挖掘了一座明朝古墓，根据墓志铭的记载，墓主就是朱存枢。

这就奇怪了，朱存枢被李自成带到北京之后，为何又被葬于西安？在那个兵荒马乱的时代，将朱存枢的尸骨从北京运到西安，这几乎不可能。难道朱存枢在北京实际没有死，而是逃回了西安？

根据出土的“大明秦世子暨妃张氏合葬圹志”记载， 明史记载可谓胡说八道，因为朱存枢根本不可能投降李自成。世子讳存枢......世子崇祯二年三月初五日以疾薨逝，享年四十。妃张氏，万历四十七年三月初六日薨逝，无出。崇祯三年十月初十日良吉，合葬西安府成宁县鸿固原之次。

这一段介绍透露了三条关键信息：一是朱存枢身份不是秦王，而只是世子，二朱存枢于1629年（崇祯二年）去世，三朱存枢没有后代。

令人不解的是，《明实录》中有朱存枢弟弟朱存极袭封的确切记录，朱存极继承秦王了，就意味着朱存枢不可能是秦王，李自成自然不可能俘虏秦王朱存枢。既然如此，为何《明史》却还会搞错，这对于编修百余年、自诩无懈可击的《明史》而言，实在不可思议。