马耳他大围攻发生在1565年，这是当年奥斯曼帝国入侵马耳他岛，受到医院骑士团的激烈抵抗的战役。当时杰尔巴岛会战惨败的消息传遍了基督教国家的海岸，人心惶惶，地中海的局势正在悄然声息地发生变化。在1564年的夏天，奥斯曼帝国和西班牙帝国都在考虑这下一步计划。当时的土耳其人没能充分利用杰尔巴岛的大捷来扩大战果，而就在这个如此短暂的时期内使得西班牙军队得以重整旗鼓。

西班牙国王菲利普二世对地中海抱着强烈的欲望，他在军事上竭尽全力地建造桨帆船。在1564年的9月，伊斯坦布尔还在琢磨如何回应罗姆加最近的袭击时，西班牙海军司令堂加西亚就从西班牙南部出发，渡过直布罗陀海峡后，占领了贝莱斯岛屿要塞。菲利普二世和苏莱曼除了分别针对地中海之主的霸权地位提出索取外，都在盲目冲向一场决定性的较量之中去。

马耳他岛是地中海中部的关键战略位置，在1564年的秋天，堂加西亚在给菲利普二世的信中分析了奥斯曼帝国威胁到了西班牙帝国在地中海所在的基地。堂加西亚认为其中受到威胁最严重的就是马耳他岛。如果西班牙军队能够守住马耳他岛那么就能增援南欧海岸，就可以把土耳其人逐出地中海的西部。如果马耳他陷落将会导致基督教联盟遭到巨大损害，奥斯曼帝国会将以马耳他岛作为基地，向欧洲更多地方发起攻击。

奥斯曼帝国的苏莱曼在1564年10月6日的国务会议上便决定进攻马耳他岛，一个月后奥斯曼帝国军队开始进攻马耳他岛。1965年5月18日早上，圣安杰洛堡和圣埃尔姆堡的观察哨发现东南方出现了奥斯曼军队。此时庄稼还在地里没有收割，平民也还没有疏散，防御工事仍然没有完工。土耳其人的舰队在马萨什洛克港抛锚，两天内就登陆了两万多人。

不过圣埃尔姆的顽强抵抗拯救了马耳他岛，骑士团乘机抢修比尔古老城和圣米歇尔的防御工事，西班牙军队也在加紧集结着他们的部队。堂加西亚不愿让新组建的舰队在还准备好的情况下就暴露在危险中，便先投入了六百人的先遣部队参与支援。西班牙军队在同年的6月30日突破奥斯曼军队的的封锁后，送援军登陆并抵达了比尔古，使得马耳他守军士气大增。

后来西班牙主力军队到来后，战场上的上风偏向到了基督教联盟这边，西班牙军队不等命令就向奥斯曼军队发起最后的猛击，在马耳他岛的老城中展开了巷战。损失惨重的的奥斯曼军队急忙乘上即将返回东地中海的帆桨战舰。在9月12日，奥斯曼帝国军队终于大败而逃。马耳他岛的医院骑士团成员和马耳他平民，再加上西班牙帝国共同取得了这场围城战的胜利。这是历史上基督教联盟和奥斯曼帝国争霸的高潮，也是当年十六世纪欧洲最著名的战役之一。