韋昌輝在天京事變中被殺的原因，一個是濫殺無辜，樹敵太多；一個是他政治野心膨脹，想效仿東王楊秀清，直接威脅到天王洪秀全的權威；還一個原因就是代洪秀全受過，成爲天京事變的“替罪羊”。

韋昌輝本來家境富裕，但由於年輕，雖然有錢但無勢，常受當地大戶的欺侮與勒索，在遇到馮雲山後，兩人交談的非常投機，在馮雲山的勸說下 ，1848年，韋昌輝加入拜上帝會。他傾其家資，在金田村開了12座爐，鑄造兵器，並組建了一支上千人的隊伍。憑藉着他的聰明幹練，韋昌輝很快成爲太平天國領導核心的一員。太平天國初期，由於韋昌輝的影響比較大，甚至超過洪秀全，清政府一度將韋昌輝作爲“逆首”進行通緝。1851年12月，太平軍在永安進行了封王建制，韋昌輝被封爲北王，成爲六千歲。

天京事變前，由於楊秀清藉助“天父下凡”，甚至將自己凌駕於天王洪秀全之上。大權獨攬的楊秀清被權力的慾望衝昏了頭腦，不但屢屢向洪秀全發難，對其他將帥也同樣不放過。北王韋昌輝、翼王石達開、燕王秦日綱等都曾經被楊秀清藉故懲罰過，甚至隨意杖責。

在定都天京後，除天王洪秀全、東王楊秀清、北王韋昌輝和翼王石達開外，洪秀全又封了兩個王，即燕王秦日綱和豫王胡以晃。在諸王之中，韋昌輝的地位、權勢和聲望是僅次於東王楊秀清的，可以說位高權重。但即便這樣，楊秀清也多次對其進行侮辱戲弄。1853年3月，韋昌輝的屬下張子朋奉命率水師從江西前往湖北，因爲士兵爭搶船隻，張子朋責打士兵，被楊秀清知道後，不但對張子朋進行杖責，還當着衆人的面對韋昌輝杖責一百下，令韋昌輝非常難堪。

韋昌輝的一位族兄因爲與楊秀清的妾兄爭房屋，被楊秀清交給韋昌輝處理，韋昌輝爲了平息楊秀清的怒氣，將自己的族兄處以五馬分屍，但韋昌輝的內心對楊秀清已經是恨之入骨。

1856年，楊秀清的權力慾望更加膨脹，已不甘屈身做九千歲了，竟逼迫洪秀全封其爲“萬歲”。洪秀全無奈之下只得答應，並將正式禪封的日子定在楊秀清的生日那一天。暗中，洪秀全派心腹祕密調遣韋昌輝、石達開、秦日綱迴天京靖難除楊。當時韋昌輝正在瑞州與湘軍曾國華部作戰。接到洪秀全的密詔後，韋昌輝大喜過望，終於迎來了自己報仇的機會。他立即帶領3000親兵，晝夜行船，與9月1日，抵達金陵。

當天夜裏，韋昌輝率部神不知鬼不覺得由天京南門外登岸，悄悄叫開城門，迅速佔領了各個要害地點，並切斷了東王府與外界的聯繫。韋昌輝以有十萬火急之事騙開東王府的門後，直奔東王住處，韋昌輝邊走邊下令：“見一個殺一個，不留活口。”東王楊秀清全家和親丁無一倖免，全部被韋昌輝殺死。楊秀清在被抓到韋昌輝面前時說：“你我金田首義，你不能殺我。”韋昌輝假裝無奈地說：“你欲篡位，我奉二兄之令殺你。”說完將楊秀清殺死。

韋昌輝在將東王府的衆人殺光後，又開始在天京城內大街小巷捕殺楊秀清的部屬和親信。他還張貼告示，要求凡是楊秀清的屬下，都要自首，敢窩藏者一律同罪，數日之內韋昌輝拘捕了一萬多人。由於天京城有近三萬人的太平軍衛戍部隊，而且城外還駐紮有太平軍的大營，韋昌輝擔心自己所帶的兵力太少，就讓燕王秦日綱派人到江蘇句容搬取自己的援兵。

天王洪秀全對韋昌輝濫殺無辜，非常不滿。但由於他自己手中控制的只有王宮衛隊，根本不是韋昌輝的對手，所以也不敢下詔指責韋昌輝。但在東殿尚書傅學賢率天京的城防部隊進行抵抗韋昌輝後，洪秀全覺得有了底氣，就下詔對韋昌輝進行處罰，詔令說：“楊秀清陰謀叛逆，乃自天泄露，其餘黨一概赦宥不問，韋昌輝、秦日綱殺人過多，特下詔懲罰其罪，令受鞭刑四百。”洪秀全爲了安定人心，還讓傅學賢等東王舊部到韋昌輝受刑現場觀看。

韋昌輝對洪秀全下詔責罰他心生不滿，決定將計就計，趁東王舊部圍觀時，將其一網打盡。他與燕王秦日綱設下毒計，在鞭刑現場埋伏重兵，當傅學賢等人放下武器前往觀看鞭刑時，韋昌輝突然下令，展開了大屠殺，這一次屠殺了近六千人，比在東王府的屠殺更爲慘烈。被殺者的屍體被接連不斷的投進秦淮河，然後漂流出江，以致河水都被染紅。從9月20日開始，韋昌輝的這一次屠殺將近用時兩個月，被屠殺的太平軍將士有兩萬多人。

按照最初洪秀全和韋昌輝、石達開的密議，這一次只誅殺楊秀清兄弟三人，不能將事情擴大化。但是在韋昌輝舉起屠刀後，事情就不是洪秀全所能控制得了。當後來趕回的石達開責問韋昌輝“四兄其下何罪，何得盡戮？”韋昌輝說：“我有二兄密詔，爲國除害，名正言順。”這時，韋昌輝已經有了將石達開除掉的打算，但是他知道石達開是從前線回來的，不知道他帶了多少兵，所以未敢輕舉妄動。石達開見韋昌輝已經殺紅了眼，情知不妙，連夜逃出了天京。韋昌輝得知消息後，將石達開家族在天京城內的婦孺老幼全部殺死，並誣陷石達開降清，對其進行懸賞通緝。

韋昌輝在誅殺了東王極其部屬後，其政治野心已經不是洪秀全所能夠控制的了，甚至開始直接挑戰天王洪秀全了，他藉口石達開逃進了天王府，洪秀全包庇石達開爲由，率3000士兵將天王府包圍，要洪秀全交出石達開，並揚言如果不交出石達開，就用火攻天王府。這已經是公開反叛了。

這時候的洪秀全英明瞭一次，趁韋昌輝沒準備的情況下，突然率天王府的衛隊衝出天王府，並高舉翼王石達開的大旗。韋昌輝原以爲石達開已經逃出天京，他找洪秀全要石達開，只不過是個藉口而已，誰知道，突然見翼王大旗從天王府衝出來，他以爲石達開真的率兵藏在天王府，一時之間，韋昌輝所部大亂。洪秀全的衛隊趁機將韋昌輝部打的大敗。

剛剛還佔據主動的韋昌輝，一瞬之間成了喪家之犬，躲藏起來準備逃命。洪秀全下令嚴守城門，每日對城內進行搜查，最終將韋昌輝擒獲。洪秀全下令將韋昌輝凌遲處死，將其肉割成二寸長的條條，懸掛在城中各柵之上，寫着“北奸肉，只准看，不準取。”並將韋昌輝的頭顱割下，送給已逃至寧國的石達開驗視，以安慰石達開，並表示驅邪扶正之意。

洪秀全吸取了韋昌輝濫殺無辜的教訓，將在天京的韋昌輝家族全部誅殺，但他下令，對韋昌輝的部屬皆不問罪。到這裏，血雨腥風的天京事變纔算結束。但這件事對太平天國的影響卻剛剛開始，也是造成了太平天國衰敗的主要原因。

韋昌輝之所以被殺，主要是他被仇恨和權力衝昏了頭腦，血腥的濫殺無辜，甚至直接挑戰天王洪秀全，想做第二個楊秀清，大有取代洪秀全的趨勢，這當然不能被洪秀全所原諒，他濫殺無辜，已成爲許多太平軍的公敵，“得道多助失道寡助”，這也是他快速失敗的主要原因。再一個，天京事變對太平天國的影響是巨大的，已經遠遠超出了洪秀全最初的計劃，爲了向所有太平軍交代，也爲了快速穩定軍心，必須要有人爲天京事變負責，這樣，韋昌輝也是必死無疑，洪秀全只有處死韋昌輝，有了韋昌輝這個“替罪羊”，天王洪秀全才能將他自己纔是天京事變幕後主導者的事情徹底洗白。