沉沒的香港珍寶海鮮舫引發大量關於事故原因的質疑。

據香港媒體報道，香港海事處於6月21日發佈聲明表示，在海鮮舫母公司香港仔飲食集團公佈珍寶海鮮舫沉沒消息前，處方並未接獲船東通知，在得悉有關報道後，已立即要求船東提交書面報告，並會跟進調查。

海事處表示，船東上星期一向海事處申請出港證，將海鮮舫從本港水域拖往柬埔寨，在申請出港證前，船東已聘請驗船機構進行相關檢驗，確保海鮮舫適宜由香港被拖往有關目的地。海事處經審閱相關資料後發出出港證，允許海鮮舫上星期二從香港仔南避風塘的停泊位置，被拖離香港水域。

海鮮舫移離香港時，海事處派出船隻到場協調海上交通，沿途監察以確保在香港水域拖航期間過程順利，不會對海上安全構成影響，期間並沒發現異常情況，在船隻離港後，海事處不會繼續監察船隻的在航狀態。

海事處表示，一般而言，被拖航的船隻不會安排人員在船上，拖船會監察被拖船隻的情況，在有需要時作出適當處理。至於採用什麼拖航方法，由船東決定，船隻的打撈事宜，一般亦是由船東處理。

珍寶海鮮舫母公司香港仔飲食集團於6月20日公佈，珍寶海鮮舫於上週二（14日）啓航離港，當週六下午（18日）行駛至南海西沙羣島附近水域時遇上風浪，船身入水開始傾側。嘗試救援後不果，海鮮舫最終於6月19日全面入水翻轉。事故未造成人員傷亡。

香港仔飲食集團早前稱，根據規定，珍寶海鮮舫在離港前，已聘請過專業海事工程人員詳細檢查船身並加上圍板，得到一切所需批文後纔開始本次航行。該集團20日稱，由於事發地點水深超過1000米，進行打撈工作會非常困難，正向拖船公司進一步瞭解事故詳情。