東晉門閥政治的建立實際上是繼承並發展了西晉時期的門閥制度，但是發展規模上這些士族的特權遠遠超過西晉時期。

建武二年（318年）

?司馬睿在建康稱帝，是爲晉元帝，史稱東晉。簡單來說，東晉的政權實際上是在南北士族的支持下建立的一個偏安政權，集合了兩個不同地域的門閥集團，其中北方的士族是朝政的主流。其中尤其是以王導和王敦爲首的琅琊王氏，更是在東晉一朝有着特殊的政治地位，因此也有了那個著名的說法“王與馬，公天下”。其中“祭在司馬，而政在士族”的局面也自此開創。

王導

東晉時期的門閥士族發展幾乎到了頂峯，把持了整個朝政，皇帝的權力更像是個幌子，真正的執政者一直在琅琊王氏、潁川庾氏、譙國桓氏以及陳郡謝氏這幾個世家大族輪流主持。當時的世家大族往往着雄厚的經濟基礎，一個大族擁有的蔭佃客的規模在東晉時期要比西晉增長快三倍，世家大族不僅有田地萬頃，還建有別墅田宅無數，可以說是當時真正的富豪。

最重要的是，在政治上到了東晉時期已經進一步確立“舉賢不出世族，用法不及權貴”這樣的準則，使得世家大族牢牢地把握着朝政，擁有絕對的話語權，並且封死了平民百姓上升的途徑。在當時如果不小心觸犯了這些門閥大族，只有認倒黴的份兒。士族之間交友、婚配都有着嚴格的界限，所以修家譜成爲了當時朝廷內外十分流行的事情，爲的就是確定身份，並且確保寒門不混淆到士族當中，有損其特權。東晉皇室一朝都未曾真正擺脫過門閥大族對朝政的控制，還要與其作鬥爭。也正因爲此，朝代真正的發展十分有限，幾次北伐的軍事活動也是後繼無力，更別說完成一統全國的願望了。