明朝末年，蒙古主体分为三大块：漠南蒙古，有16个蒙古部落；漠北蒙古，有12个蒙古部落；漠西蒙古，有5个蒙古部落。

这三大块又分成几十个小部落，小部落之间没有从属关系，打起仗来各顾各。也就是说，努尔哈赤当年兴起时，跟他同时代的蒙古部落一盘散沙，连个强有力的领导人都没有。

降服漠南蒙古

努尔哈赤最早亲自征战，收服了科尔沁部蒙古族人，科尔沁部蒙古族人进献美女臣服。最著名的，皇太极纳取了蒙古族美女海兰珠和她的侄女，就是著名的孝庄太后。

之后，漠南蒙古由于离后金最近，所以后金又和漠南蒙古开战。当时的汗王是林丹汗，正根的成吉思汗后裔。

但是林丹汗没有人鸟他。外蒙古的喀尔喀蒙古不承认他的汗位；远在新疆的漠西蒙古部落跟他公开分裂。

林丹汗虽然名义上是蒙古大汗，但他的地盘，仅仅局限在漠南的察哈尔蒙古这一部。于是林丹汗发动了统一蒙古的战争。结果一个部落都没有被他降服，而像科尔沁等漠南部落，反倒还跑到了努尔哈赤一边，与满洲人结成了生死同盟，一起揍林丹汗。

崇祯元年，皇太极一征察哈尔，当年九月，满洲八旗正式吞并了蒙古察哈尔部。林丹汗失去了根据地，势力大大受挫。

崇祯五年，皇太极二征林丹汗。临行前，皇太极传令归顺后金的蒙古各部，速率部来一起征战林丹汗。于是科尔沁、扎鲁特等十几个漠南蒙古诸部，总兵力约十万，与满洲八旗一同会剿林丹汗。林丹汗率众西奔到了青海。

两年后，林丹汗在青海病死。他的儿子额哲率余部，带着传国玉玺向八旗兵投降，蒙古帝国正式宣告灭亡，漠南蒙古也全部被后金降服。

皇太极得到传国玉玺后，被漠南蒙古四十九个封建主一同尊奉为『博格达彻辰汗』，也就是说，漠南蒙古人给自己找了一个满洲人当大汗。第二年，国号从金改为大清，建立了大清帝国。

漠北蒙古臣服

漠南蒙古被清朝灭后，漠北蒙古对清朝进贡称藩。直到清朝康熙年间，噶尔丹率部突袭漠北蒙古本部，将喀尔喀三部打的大败。后经宗教领袖哲布尊丹巴呼图克图的倡议，喀尔喀蒙古举旗投清。康熙皇帝与内、外蒙古各部首领，齐集于多伦诺尔举行会盟，从这个时候开始，清朝才真正统治漠北蒙古。

征战漠西蒙古

相对于漠南蒙古与漠北蒙古而言，漠西蒙古的实力要强得多，对清朝的威胁也更大。其中的和硕特部，与清朝的关系比较好，在皇太极荣登蒙古大汗的时候，也遣使向皇太极归顺。之后，和硕特部向青藏高原发展，它原先的地盘就留给了准噶尔。

准噶尔，绝对的清朝死敌。准噶尔的大汗噶尔丹东征西讨，建立的疆域面积高达四百万平方公里，与清朝死磕了七十年。

康熙二十九年(1690年)到康熙三十五年(1696年)，清军三征噶尔丹。

噶尔丹绝望自杀后，策妄阿拉赞布坦成为准噶尔部的统治者。他向南灭掉了和硕特汗国，又挑起了准噶尔与清朝的战争。在之后的雍正和乾隆两朝，清军步步紧逼，直到1755年（清朝乾隆年间），准噶尔汗国陷入内乱，清朝才抓住机会，将准噶尔汗国彻底消灭，并在那里设置了伊犁将军。

至此，从努尔哈赤开始到乾隆，历经100多年，对蒙古诸部的战争才告结束，漠南、漠西、漠北三大蒙元势力全部臣服于清朝。

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