明朝末年，蒙古主體分爲三大塊：漠南蒙古，有16個蒙古部落；漠北蒙古，有12個蒙古部落；漠西蒙古，有5個蒙古部落。

這三大塊又分成幾十個小部落，小部落之間沒有從屬關係，打起仗來各顧各。也就是說，努爾哈赤當年興起時，跟他同時代的蒙古部落一盤散沙，連個強有力的領導人都沒有。

降服漠南蒙古

努爾哈赤最早親自征戰，收服了科爾沁部蒙古族人，科爾沁部蒙古族人進獻美女臣服。最著名的，皇太極納取了蒙古族美女海蘭珠和她的侄女，就是著名的孝莊太后。

之後，漠南蒙古由於離後金最近，所以後金又和漠南蒙古開戰。當時的汗王是林丹汗，正根的成吉思汗後裔。

但是林丹汗沒有人鳥他。外蒙古的喀爾喀蒙古不承認他的汗位；遠在新疆的漠西蒙古部落跟他公開分裂。

林丹汗雖然名義上是蒙古大汗，但他的地盤，僅僅侷限在漠南的察哈爾蒙古這一部。於是林丹汗發動了統一蒙古的戰爭。結果一個部落都沒有被他降服，而像科爾沁等漠南部落，反倒還跑到了努爾哈赤一邊，與滿洲人結成了生死同盟，一起揍林丹汗。

崇禎元年，皇太極一徵察哈爾，當年九月，滿洲八旗正式吞併了蒙古察哈爾部。林丹汗失去了根據地，勢力大大受挫。

崇禎五年，皇太極二徵林丹汗。臨行前，皇太極傳令歸順後金的蒙古各部，速率部來一起征戰林丹汗。於是科爾沁、扎魯特等十幾個漠南蒙古諸部，總兵力約十萬，與滿洲八旗一同會剿林丹汗。林丹汗率衆西奔到了青海。

兩年後，林丹汗在青海病死。他的兒子額哲率餘部，帶着傳國玉璽向八旗兵投降，蒙古帝國正式宣告滅亡，漠南蒙古也全部被後金降服。

皇太極得到傳國玉璽後，被漠南蒙古四十九個封建主一同尊奉爲『博格達徹辰汗』，也就是說，漠南蒙古人給自己找了一個滿洲人當大汗。第二年，國號從金改爲大清，建立了大清帝國。

漠北蒙古臣服

漠南蒙古被清朝滅後，漠北蒙古對清朝進貢稱藩。直到清朝康熙年間，噶爾丹率部突襲漠北蒙古本部，將喀爾喀三部打的大敗。後經宗教領袖哲布尊丹巴呼圖克圖的倡議，喀爾喀蒙古舉旗投清。康熙皇帝與內、外蒙古各部首領，齊集於多倫諾爾舉行會盟，從這個時候開始，清朝才真正統治漠北蒙古。

征戰漠西蒙古

相對於漠南蒙古與漠北蒙古而言，漠西蒙古的實力要強得多，對清朝的威脅也更大。其中的和碩特部，與清朝的關係比較好，在皇太極榮登蒙古大汗的時候，也遣使向皇太極歸順。之後，和碩特部向青藏高原發展，它原先的地盤就留給了準噶爾。

準噶爾，絕對的清朝死敵。準噶爾的大汗噶爾丹東征西討，建立的疆域面積高達四百萬平方公里，與清朝死磕了七十年。

康熙二十九年(1690年)到康熙三十五年(1696年)，清軍三徵噶爾丹。

噶爾丹絕望自殺後，策妄阿拉贊布坦成爲準噶爾部的統治者。他向南滅掉了和碩特汗國，又挑起了準噶爾與清朝的戰爭。在之後的雍正和乾隆兩朝，清軍步步緊逼，直到1755年（清朝乾隆年間），準噶爾汗國陷入內亂，清朝才抓住機會，將準噶爾汗國徹底消滅，並在那裏設置了伊犁將軍。

至此，從努爾哈赤開始到乾隆，歷經100多年，對蒙古諸部的戰爭才告結束，漠南、漠西、漠北三大蒙元勢力全部臣服於清朝。

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